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單倍型基因組

發(fā)掘優(yōu)異等位基因變異

技術(shù)介紹

大多數(shù)二倍體基因組組裝都忽略了同源染色體之間的差異,將基因組組裝成一個(gè)假的單倍體序列,這是二倍體類(lèi)型的組裝的人為共識(shí)。這種人為共識(shí)可能導(dǎo)致基因注釋的不準(zhǔn)確和生物學(xué)解釋的錯(cuò)誤。

隨著研究的深入,發(fā)現(xiàn)僅單套的基因組數(shù)據(jù)難以完全演示該物種的全面信息。同源染色體之間不同遺傳位點(diǎn)的組合對(duì)生物表型有重要影響,如動(dòng)植物中的雜種優(yōu)勢(shì)、某些物種雜交不育現(xiàn)象等。單倍型等位基因間差異對(duì)基因表達(dá)、功能及其表型都有著重要影響,大多數(shù)雜交品種的優(yōu)勢(shì)表型都受等位基因調(diào)控。

通過(guò)單倍型的分析,可為解析物種重要性狀形成的遺傳機(jī)制奠定重要基礎(chǔ)。單倍型在群體遺傳學(xué)上可分析等位基因間差異,追蹤個(gè)體親緣關(guān)系,了解生物遷徙模式和進(jìn)化歷史;在農(nóng)業(yè)上發(fā)掘優(yōu)異等位基因變異,探索雜種優(yōu)勢(shì)理論等。

單倍型基因組組裝方法 Tang et al., Biotechnology Bulletin, 2021

技術(shù)特點(diǎn)

  • 可以對(duì)組裝的單倍型基因組的基因特征比較

  • 檢測(cè)單倍型基因組間的結(jié)構(gòu)變異

  • 分析單倍型基因組上基因表達(dá)情況,結(jié)合物種組織部位、發(fā)育時(shí)期研究等位基因不平衡表達(dá)

  • 分析結(jié)構(gòu)變異所在基因或者附件基因的表達(dá)情況

技術(shù)路線(xiàn)

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測(cè)序策略

測(cè)序類(lèi)型

完成周期

組裝指標(biāo)

測(cè)序深度

文庫(kù)大小

無(wú)親本 3-6個(gè)月(組裝注釋?zhuān)?(視物種具體情況而定) 單套ContigN50≥2Mb(視物種具體情況而定) 單套基因組HiFi數(shù)據(jù)≥30x HiFi:15-20kb
有親本 雙親二代數(shù)據(jù)≥50x 單套基因組HiFi數(shù)據(jù)≥30x 二代:350bp HiFi:15-20kb

結(jié)果展示

八倍體草莓單倍型基因組特征圖 (Mao JX et al., Horticulture Research, 2023)
獼猴桃單倍型基因組的等位基因變異和等位基因特異行表達(dá)(ASE)基因 (Han X et al., Molecular Plant, 2023)

合作案例文獻(xiàn)

百邁客生物服務(wù)優(yōu)勢(shì)

同時(shí)具備主流三代測(cè)序平臺(tái)PacBio與Nanopore,通量充足,測(cè)序模式隨心選

多年基因組組裝項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),專(zhuān)業(yè)的個(gè)性化分析團(tuán)隊(duì),基因組項(xiàng)目可輕松應(yīng)對(duì)

基因組成功案例200+,影響因子2000+

實(shí)驗(yàn)與生信分析,軟著+專(zhuān)利雙重加持

百邁客生物服務(wù)流程

  • 樣品寄送

  • 建庫(kù)測(cè)序

  • 數(shù)據(jù)分析

  • 出具報(bào)告

  • 售后答疑

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