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CircRNA測序

產(chǎn)品介紹

 

環(huán)狀RNA（circRNA）是一類特殊的非編碼RNA分子，也是RNA領(lǐng)域新的研究熱點。與傳統(tǒng)的線性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu)，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定，不易降解。近幾年的研究表明，circRNA在生物的生長發(fā)育、對外界環(huán)境的抵御等方面具有重要的調(diào)控作用。CircRNA功能眾多，可作為miRNA的海綿，競爭性結(jié)合miRNA，發(fā)揮ceRNA的調(diào)控功能，調(diào)控基因表達。近年來還發(fā)現(xiàn)與疾病的發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)，在疾病診斷標記物等方向具有很大的應用前景。

 

分析內(nèi)容

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多種標準化和個性化分析

標準數(shù)據(jù)分析：與參考基因組對比、circRNA來源基因分析、預測circRNA、circRNA表達水平分析

高級數(shù)據(jù)分析：circRNA-miRNA互作分析、互作網(wǎng)絡圖繪制、ceRNA分析、WGCNA分析

結(jié)果展示

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circos分析

我們會對CircRNA在基因組上的分布作統(tǒng)計分析，并用circos圖呈現(xiàn)出各個樣品CircRNA表達量。circos圖清晰展示出不同樣品某位點環(huán)狀RNA剪接穩(wěn)點的數(shù)量及junction reads覆蓋深度。

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差異CircRNA來源基因注釋

生物體內(nèi)，在特定條件下某些基因?qū)霓D(zhuǎn)錄本會形成環(huán)狀RNA，失去編碼功能，從而影響生物學表型。因此，針對circRNA的來源基因分別進行GO和KEGG注釋及富集分析，有助于深入挖掘circRNA功能。

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CircRNA預測

百邁客綜合目前應用最廣泛的CircRNA預測軟件對環(huán)狀RNA成環(huán)的剪接位點進行預測，候選CircRNA的剪接位點兩側(cè)存在GU/AG。相同染色體上來源基因起止位點相同即為同一CircRNA。多個樣品取并集得到的所有CircRNA用于后續(xù)分析。并且將CircAtlas數(shù)據(jù)庫作為ircBase數(shù)據(jù)庫的補充，使常見物種的已知circRNA鑒定的結(jié)果更加完善，更加豐富。

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差異CircRNA聚類分析

聚類分析用于判斷差異基因在不同實驗條件下的表達模式，可通過將表達模式相同或相近的基因聚集成類，從而識別未知基因的功能或已知基因的未知功能，同類基因可能具有相似的功能或共同參與同一代謝過程。對篩選出的差異表達CircRNA做層次聚類分析，將具有相同或相似表達行為的CircRNA進行聚類。

?成功案例

公司成立多年以來，擁有豐富的項目分析經(jīng)驗，累計完成近千個樣品的circRNA項目研究，物種涉及廣泛，包括人鼠、動物、植物常見的組織部為及細胞樣本?？筛鶕?jù)項目需要選擇方案，保障結(jié)果精準。

常見問題

沒有參考基因組是否能做CircRNA呢？

答：在CircRNA預測時，測序clean reads需要與參考基因組比對，得到準確的成環(huán)剪接位點（breakpoint）;如果沒有參考基因組或者只有無參轉(zhuǎn)錄組得到的Unigene，可能會由于拼接錯誤等造成CircRNA預測不準確，所以為了得到準確的分析結(jié)果，需要選擇有參考基因組物種進行分析。

CircRNA的成環(huán)機制都有哪些？

答：CircRNA的成環(huán)機制有：套索驅(qū)動的環(huán)化；內(nèi)含子配對驅(qū)動的環(huán)化；內(nèi)含子環(huán)化；RBP或一類反式因子驅(qū)動的環(huán)化；可變剪接引起的環(huán)化。

circRNA測序?qū)τ跇颖居惺裁匆螅?/h4>

答：circRNA測序產(chǎn)品可以對動植物、全血、細胞等組織或者核酸樣本進行測序，分析要求需要有對應物種的參考基因組，具體的送樣指導，請參考如下內(nèi)容：

circRNA主要的作用機制?

1、作為miRNA分子的海綿 ，circRNA含有大量的miRNA結(jié)合位點，具有miRNA海綿作用，進而間接調(diào)控miRNA下游靶基因的表達。
2、circRNA調(diào)控其親本基因的表達，circRNA在轉(zhuǎn)錄后和基因表達調(diào)控中起著舉足輕重的作用。已有結(jié)果表明，circRNA可以增強其親本基因的轉(zhuǎn)錄。
3、circRNA與RNA結(jié)合蛋白互作，些環(huán)狀RNA上有一個或者多個RNA結(jié)合蛋白的結(jié)合位點，可作為蛋白分子的海綿體。
4、編碼功能 ，circRNA雖然屬于非編碼RNA，但是也有少數(shù)circRNA可以編碼多肽，通過編碼多肽行使調(diào)控功能。

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