百邁客單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序(Single Nuclei RNA Sequencing,snRNA-seq):通過提取樣本單細(xì)胞核,基于10x Genomics平臺分離、標(biāo)記細(xì)胞核,在單細(xì)胞水平研究核基因表達(dá)檢測的技術(shù)。為腦組織、心臟、腎臟等復(fù)雜組織或一些珍稀凍存樣品提供了單細(xì)胞水平研究應(yīng)用平臺,可挖掘更多潛在的致病細(xì)胞類型,更易于探討腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性和致病機(jī)理。
單細(xì)胞懸液或者組織分離單細(xì)胞核:通過百邁客優(yōu)化細(xì)胞核分離試劑盒提取,清洗和重懸;再通過10x genomics單細(xì)胞測序平臺利用微流控、油滴包裹和barcode標(biāo)記等技術(shù)來實(shí)現(xiàn)高通量的單細(xì)胞核捕獲,構(gòu)建單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組文庫,借助Illumina測序平臺對文庫進(jìn)行測序檢測,即可一次性獲得大量單細(xì)胞核的基因表達(dá)數(shù)據(jù),從而實(shí)現(xiàn)復(fù)雜組織或珍貴冷凍樣本在單細(xì)胞水平進(jìn)行基因表達(dá)測序。
操作簡單 | 采用直接抽核方式,而且核膜比細(xì)胞膜穩(wěn)定,操作相對簡單 |
適用范圍廣 | 新鮮/凍存、難消化、復(fù)雜組織類型均可,并且無細(xì)胞粒徑活性局限 |
結(jié)果精準(zhǔn) | 解離過程中無人為引入“轉(zhuǎn)錄偏好”,結(jié)果真實(shí)可靠 |
信息全面 | 組織細(xì)胞消化均一性好,獲取真實(shí)的細(xì)胞類型組成和比例,鑒定細(xì)胞類型更全面和完整 |
高質(zhì)量抽核 | 針對不同組織基于單細(xì)胞核分離試劑盒,百邁客優(yōu)化單細(xì)胞核懸液制備方法 |
經(jīng)驗(yàn)豐富 | 累計(jì)制備100余種組織類型、3000+例的單細(xì)胞樣本,超高核抽提經(jīng)驗(yàn) |
強(qiáng)大生信分析 | 實(shí)現(xiàn)單細(xì)核數(shù)據(jù)可視化,挖掘更多的罕見細(xì)胞類型,提供個(gè)性化分析 |
snRNA-seq可深入挖掘特殊或罕見細(xì)胞類型,全面解讀腫瘤疾病致病機(jī)理。
(1)單細(xì)胞核RNA測序?qū)嶒?yàn)需要提取分離制備單細(xì)胞核懸液,而單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序只需要制備單細(xì)胞懸液,檢測的基因不同,但是兩者都可以根據(jù)基因表達(dá)進(jìn)行細(xì)胞分群。
(2)單細(xì)胞核RNA測序可以使用凍存樣本,沒有細(xì)胞粒徑局限,適用范圍更廣。
(3)兩者數(shù)據(jù)分析相似,主要分析都是細(xì)胞分群、細(xì)胞亞群鑒定、marker基因鑒定、細(xì)胞群基因表達(dá)分析、細(xì)胞軌跡分析等。
1、適用于凍存組織樣品,克服單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序需要樣本新鮮和時(shí)效性局限;
2、適用于難以制備單細(xì)胞懸液的組織樣品,比如腦組織、心臟、腎臟等復(fù)雜組織;
3、酶解離有偏好性的樣本更適用單細(xì)胞核RNA測序,獲取真實(shí)的細(xì)胞類型組成和比例;
4、適用于細(xì)胞粒徑過大,細(xì)胞不規(guī)則,細(xì)胞活性偏低的樣本,比如神經(jīng)元細(xì)胞、心肌細(xì)胞、骨骼肌纖維細(xì)胞等;
5、適用于無法獲取高質(zhì)量原生質(zhì)體,提取細(xì)胞核進(jìn)行單細(xì)胞水平研究。
脂肪組織通常根據(jù)其功能分為白色、棕色或米色(brite) ,它是系統(tǒng)代謝的重要調(diào)節(jié)因子,肥胖中脂肪組織功能失調(diào)可導(dǎo)致多種繼發(fā)性代謝并發(fā)癥,同時(shí)通過旁分泌和內(nèi)分泌信號調(diào)節(jié)系統(tǒng)的新陳代謝。本文作者利用單細(xì)胞核RNA測序(snRNA-seq)分析小鼠和人的脂肪組織細(xì)胞的異質(zhì)性,結(jié)果在小鼠體內(nèi)發(fā)現(xiàn)了一種罕見的脂肪細(xì)胞亞群,并且證實(shí)該細(xì)胞亞群可以通過醋酸鹽介導(dǎo)的調(diào)節(jié)其產(chǎn)熱能力來調(diào)控鄰近脂肪細(xì)胞的活動。由此可見snRNA-seq可挖掘更多潛在的細(xì)胞類型,更易于探討腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性和致病機(jī)理。
文獻(xiàn)原文:snRNA-seq reveals a subpopulation of adipocytes that regulates thermogenesis. 2020, Nature, IF=42.778
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