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全外顯子組測(cè)序

產(chǎn)品介紹

????????全外顯子組測(cè)序（Whole Exome Sequencing，WES），是指利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA捕獲富集后進(jìn)行高通量測(cè)序，能夠直接發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)功能變異相關(guān)的遺傳變異，雖然外顯子只占基因組的1%，但人類基因組的蛋白編碼區(qū)大約包含85%的致病突變，測(cè)序深度更高，數(shù)據(jù)更有效，變異檢測(cè)更準(zhǔn)確！

不同質(zhì)量&多種類型樣本完美解決方案

樣本類型：全血樣本、PBMC（外周血單個(gè)核細(xì)胞）、新鮮凍存組織、FFPE樣本、血漿樣本以及羊水細(xì)胞等；

文庫(kù)類型：?jiǎn)渭?xì)胞建庫(kù)（pg級(jí)）、低起始量建庫(kù)(30-100ng)和常規(guī)建庫(kù)（1μg）。

不同類型樣本選擇合適的提取試劑盒，不同質(zhì)量DNA樣本選擇合適的提高有效文庫(kù)比例的建庫(kù)試劑盒。

從樣本提取到文章發(fā)表–貼心服務(wù)支持

主流的外顯子捕獲平臺(tái)

采用主流捕獲平臺(tái)：SureSelect Human All Exon v6

應(yīng)用領(lǐng)域廣泛，分析內(nèi)容全面

針對(duì)不同研究領(lǐng)域提供個(gè)性化方案和分析流程

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百邁客云服務(wù)，項(xiàng)目進(jìn)展透明化，盡享體驗(yàn)

實(shí)時(shí)追蹤項(xiàng)目進(jìn)展，一切動(dòng)向盡在掌握

意見(jiàn)直接反饋?lái)?xiàng)目經(jīng)理，高效解決

可對(duì)在線項(xiàng)目各維度的服務(wù)進(jìn)行評(píng)價(jià)

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豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，為科研保駕護(hù)航！

多年項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)及DNA產(chǎn)品研發(fā)團(tuán)隊(duì)

與參考基因組比對(duì)

比對(duì)效率，指比對(duì)到參考基因組上的數(shù)據(jù)量占所有clean data的百分比，反映樣本測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組的相似性。測(cè)序深度，指比對(duì)到參考基因組的堿基總數(shù)除以基因組大?。桓采w度，指被測(cè)到的基因組堿基總數(shù)占基因組長(zhǎng)度的百分比；測(cè)序深度和覆蓋度能夠直接反應(yīng)測(cè)序數(shù)據(jù)的均一性及與參考序列的同源性。

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snv

SNV變異檢測(cè)統(tǒng)計(jì)

與參考基因組比對(duì)后，檢測(cè)SNV 和 InDel，統(tǒng)計(jì)基因組各個(gè)區(qū)域的SNV數(shù)目/比例以及編碼區(qū)域各類型SNV數(shù)目/比例。

突變特征NMF聚類分析

DNA復(fù)制過(guò)程中錯(cuò)配、誘變劑誘導(dǎo)及DNA修復(fù)機(jī)制缺陷等突變過(guò)程催生了體細(xì)胞變異，不同突變過(guò)程產(chǎn)生特定突變類型組合，即突變特征。根據(jù)SNV及其上下文（上下游各1bp）的堿基種類，可以將點(diǎn)突變分為96種類型，根據(jù)各突變類型頻率，通過(guò)NMF(非負(fù)矩陣分解)方法將SNV分解為多個(gè)不同的突變特征。

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驅(qū)動(dòng)基因類型分布/突變頻譜

利用MutSigCV軟件分析待測(cè)基因突變頻率與背景突變頻率，鑒定體細(xì)胞突變中的顯著性突變，即高頻突變基因（Significantly mutated genes，SMGs），高頻突變基因很可能為驅(qū)動(dòng)基因，繪制高頻突變基因突變頻譜。

高頻CNV分析（GISTIC重現(xiàn)性分析）

拷貝數(shù)變異（Copy number variation, CNV）表現(xiàn)為基因組片段的拷貝數(shù)增加或者減少，somatic CNV的缺失片段可能包含抑癌基因，擴(kuò)增片段可能存在癌基因。檢測(cè)Somatic CNV，對(duì)其分布進(jìn)行分析，并利用GISTIC分析高頻CNV。

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腫瘤純度分析

臨床上獲得的腫瘤樣本通常為癌細(xì)胞和正常細(xì)胞的混合組織，腫瘤純度影響體細(xì)胞突變的檢出數(shù)量。通過(guò)ABSOLUTE可根據(jù)腫瘤樣本基因組拷貝數(shù)和體細(xì)胞突變等位基因頻率，計(jì)算腫瘤樣本純度和倍性。

外顯子測(cè)序的測(cè)序深度如何選擇？

疾病研究，即germline變異研究，推薦10G數(shù)據(jù)量/樣本 ；腫瘤等體細(xì)胞變異研究，腫瘤組織推薦15-20G以上數(shù)據(jù)量/樣本（腫瘤純度和腫瘤異質(zhì)性，一般腫瘤中重要突變頻率較低，需要增加測(cè)序深度）；正常對(duì)照組織推薦10G數(shù)據(jù)量/樣本。

什么是外顯子測(cè)序的捕獲效率？測(cè)序深度如何換算？

捕獲效率是指測(cè)得比對(duì)到目標(biāo)區(qū)域的序列（有效序列）占全部比對(duì)到參考基因組的序列的比例；捕獲效率的高低不影響數(shù)據(jù)質(zhì)量，只影響數(shù)據(jù)的有效比例。一般目標(biāo)區(qū)域的捕獲效率在60-70%，羅氏和安捷倫等外顯子捕獲試劑盒的目標(biāo)區(qū)域大小在60Mb左右，即測(cè)序深度=10G*60%/60Mb=100X。

FFPE樣本提取的DNA，一般降解嚴(yán)重，總量較低，是否可以進(jìn)行外顯子捕獲測(cè)序？

FFPE樣本為臨床上非常重要且珍貴的樣本來(lái)源，建議FFPE樣本由百邁客進(jìn)行提取，我們采用可以對(duì)FFPE樣本中由于化學(xué)修飾導(dǎo)致的C>T變異校正的提取試劑盒；同時(shí)建庫(kù)時(shí)采用可以提高斷裂片段與接頭序列連接效率的微量建庫(kù)試劑盒，保證微量降解片段的建庫(kù)成功率。百邁客擁有重度、中度、輕度降解、cfDNA及正常DNA建庫(kù)經(jīng)驗(yàn)，且全血樣本、全血分離白細(xì)胞樣本、新鮮凍存組織、FFPE樣本、血漿樣本以及羊水細(xì)胞等各種類型樣本的提取經(jīng)驗(yàn)豐富。