T2T基因組(Telomere-to-Telomere),即端粒至端粒的完整基因組組裝的簡(jiǎn)稱,是更完整基因組的代表。T2T基因組主要是通過(guò)多種測(cè)序平臺(tái)、高深度測(cè)序,結(jié)合多種軟件方式來(lái)獲得具有端粒與著絲粒的的gap-free或gap-less的高質(zhì)量基因組。端粒為真核生物染色體末端的一種特殊結(jié)構(gòu),由 DNA重復(fù)序列和特異結(jié)合蛋白組成的復(fù)合體。高等生物的著絲粒由數(shù)千個(gè)高度重復(fù)單元串聯(lián)形成。而這些重復(fù)區(qū)域高度復(fù)雜,是三代測(cè)序與組裝中的難點(diǎn),也是T2T基因組重點(diǎn)攻克對(duì)象。T2T基因組的構(gòu)建將進(jìn)一步助力物種基因組中復(fù)雜區(qū)域的解析,尤其是早期難以被破解的“黑色領(lǐng)域”,可為物種的深度研究提供重要的基礎(chǔ)信息。
可以獲得高準(zhǔn)確性、高連續(xù)性、高完整性的端粒到端粒的高質(zhì)量基因組
可以克服著絲粒和高重復(fù)區(qū)域的組裝難題
可以克服著絲粒和高重復(fù)區(qū)域的組裝難題
探索染色體的起源, 馴化以及鑒定性別關(guān)鍵基因
測(cè)序類型 |
完成周期 |
組裝指標(biāo) |
測(cè)序深度 |
文庫(kù)大小 |
PacBio?HiFi | 3-6個(gè)月(組裝注釋)
(視物種具體情況而定) |
至少一條染色體達(dá)到T2T
(視物種具體情況而定) |
基因組≥60x | 15-20kb |
ONT?Ultra-long | 基因組≥40x | 50kb/100kb/150kb |
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