三年成全在线观看大全,中文字幕av一区二区,免费看的黄色视频,中文字幕无码在线

全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）

篩選遺傳變異

GWAS介紹

全基因組關(guān)聯(lián)分析是對(duì)多個(gè)個(gè)體在全基因組范圍的遺傳變異多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)，獲得基因型，進(jìn)而將基因型與可觀測(cè)的性狀，即表型，進(jìn)行群體水平的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，根據(jù)統(tǒng)計(jì)量或P值篩選出有可能影響該性狀的遺傳變異。

材料選擇

不同品種、亞種、地方種/種質(zhì)庫/混合家系/野生資源

9

不同品種、亞種、地方種

8

半同胞家系/全同胞家系/野生資源

7

分析流程

6-18-1

重測(cè)序-GWAS

通過全基因組大樣本重測(cè)序?qū)?dòng)植物重要種質(zhì)資源進(jìn)行全基因組的基因型鑒定，并與關(guān)注的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS），進(jìn)而找到與關(guān)注表型相關(guān)的SNP位點(diǎn)，定位與性狀相關(guān)基因，為后續(xù)動(dòng)植物的育種提供科學(xué)理論依據(jù)。

分析內(nèi)容

  • 1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控
  • 2、與參考 基因組比對(duì)
  • 3、全基因組變異檢測(cè)
  • 4、遺傳進(jìn)化分析
  • 5、連鎖不平衡分析
  • 6、全基因組關(guān)聯(lián)分析： a）SNP與性狀關(guān)聯(lián)分析 b）候選基因功能注釋

全基因組關(guān)聯(lián)分析

2

SLAF-GWAS

SLAF-GWAS是應(yīng)用簡(jiǎn)化測(cè)序的方式，以基因組中檢測(cè)到的單核苷酸多態(tài)性(single?nucleotide?ploymorphism，SNP)為分子遺傳標(biāo)記，進(jìn)行全基因組水平上的對(duì)照分析或相關(guān)性分析，統(tǒng)計(jì)分析每個(gè)變異與目標(biāo)性狀之間的關(guān)聯(lián)性大小，通過比較發(fā)現(xiàn)影響復(fù)雜性狀的基因變異的一種策略。

分析內(nèi)容

  • 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控
  • SNP檢測(cè)與注釋
  • 遺傳進(jìn)化分析
  • 全基因組關(guān)聯(lián)分析：1）SNP與形狀關(guān)聯(lián)分析2）候選基因功能注釋

LD-Block分析

3

項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富，碩果累累!

百邁客自2009年成立以來，經(jīng)過多年的厚積薄發(fā)，在群體GWAS研究方面已完成上百個(gè)物種的項(xiàng)目，不完全統(tǒng)計(jì)，協(xié)助研究者發(fā)表文章70余篇，累計(jì)影響因子達(dá)340+，其中包含多篇Nature Communications、Molecular?Plant Plant?Biotechnology?Journal及The?Plant?Journal等國(guó)際等級(jí)期刊。

豐富的項(xiàng)目案例

優(yōu)秀的分析人員

火箭般的進(jìn)展速度

數(shù)據(jù)深度挖掘

案例文章

連鎖不平衡衰減（LD?decay）分析

在某一群體中，不同座位上某兩個(gè)基因同時(shí)遺傳的頻率明顯高于預(yù)期的隨機(jī)頻率的現(xiàn)象，稱連鎖不平衡?(linkage?disequilibrium)?。自然群體中連鎖強(qiáng)度以D’或r2表示，D’或r2越接近于1，代表連鎖關(guān)系越強(qiáng)。一般用r2大于0.1的數(shù)據(jù)作為連鎖不平衡的衰減（LD?decay）的數(shù)值，LD-decay越長(zhǎng)，代表物種的SNP間發(fā)生重組的概率越小，LD-decay越短，代表物種的SNP間發(fā)生重組的概率越大。

1
.png

全基因組關(guān)聯(lián)分析

基于SNP，利用TASSEL軟件的混合線性模型(compressed?MLM)得到關(guān)聯(lián)值，公式計(jì)算為：y=?Xα+Qβ+Kμ+e。其中，通過admixture軟件計(jì)算樣品群體結(jié)構(gòu)Q，通過SPAGeDi軟件計(jì)算樣品間親緣關(guān)系K，X為基因型，y為表型，最終每個(gè)SNP位點(diǎn)都能得到一個(gè)關(guān)聯(lián)值。最終將性狀關(guān)聯(lián)到基因組XX號(hào)染色體上。

LD-Block分析

基于SNP，利用Haploview單體型預(yù)測(cè)軟件，預(yù)測(cè)得到單體型塊(趨向于整體遺傳的基因序列，Block)。Block大小分布體現(xiàn)了在整個(gè)基因組范圍內(nèi)趨向于整體往下遺傳的基因序列的長(zhǎng)度，block越小，說明基因組重組越多。

block
ld-block

LD-Block的實(shí)際應(yīng)用

一般情況下，全基因組關(guān)聯(lián)分析的曼哈頓圖常常與染色體位置、LD-Block圖進(jìn)行聯(lián)合分析，根據(jù)顯著關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)確定注釋的染色體區(qū)域，同時(shí)在該區(qū)域進(jìn)行LD-Block分析，找到與該位點(diǎn)連鎖較強(qiáng)的其他SNP位點(diǎn)，并對(duì)其所在的基因進(jìn)行功能注釋。

GWAS分析選材原則是什么？

1、保證選取的樣本具有足夠的代表性；

2、樣本中不能有明顯的亞群分化（例如生殖隔離等），因?yàn)槊黠@分化的群體會(huì)使得遺傳背景的噪音較大；

3、建議選擇幾個(gè)比較重要且遺傳力較高的表型性狀作為研究的重點(diǎn)；

4、質(zhì)量性狀盡量為0、1二值性狀，并且兩類性狀的樣本數(shù)應(yīng)當(dāng)盡量相近；

5、數(shù)量性狀盡量√準(zhǔn)量化記錄（如抗病性可以量化為發(fā)病率、死亡率、存活率、病斑數(shù)、病斑面積等，而不是簡(jiǎn)單的多級(jí)衡量），并使表型總體呈近似正態(tài)分布；

6、栽培植物可以進(jìn)行多年多點(diǎn)多重復(fù)記錄，多年多點(diǎn)的觀測(cè)結(jié)果可以分別進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，多重復(fù)可以取平均值進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析；

7、表型變異豐富、性狀有明顯的主效位點(diǎn)控制時(shí)樣本量可以適當(dāng)減小，推薦200個(gè)以上；表型差異較小，多基因控制時(shí)樣本量應(yīng)當(dāng)增大，推薦500個(gè)以上。

自然群體GWAS的研究對(duì)象有哪些？

非嚴(yán)格遺傳群體：

1、種質(zhì)資源

2、半同胞家系，混合家系

3、MAGIC/NAM家系

4、多個(gè)F2/RIL/全同胞家系

5、高雜合類物種：F1群體