ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing),基于高通量測序的染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶可接近性實驗。在核小體連接致密的地方,轉(zhuǎn)座酶不能進入,而松散的區(qū)域,轉(zhuǎn)座酶能夠進入并切割下暴露的DNA區(qū)域,并同時連接上特異性的接頭,有接頭的DNA片段被分離出來,用于高通量測序。因此,ATAC-seq可以得是全基因度尺度上處于開放狀態(tài)的染色質(zhì)區(qū)域,并且通過分析染色質(zhì)開放區(qū)域的motif,可以獲得潛在的活躍轉(zhuǎn)錄因子及其靶基因。
ATAC-seq主要實驗流程首先是制備細胞懸液,然后裂解液裂解細胞獲得細胞核,進一步使用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切并純化,最后回收DNA片段,對回收片段進行末端修復(fù)、3’端加A、連接測序接頭,片段大小選擇以及PCA擴增等步驟獲得標(biāo)準(zhǔn)的高通量測序文庫,使用Illumina測序平臺進行測序。
原始測序Reads經(jīng)過去接頭和過濾低質(zhì)量,獲得Clean Reads。將Clean Reads與參考基因組序列進行比對,通過Reads在基因組上的比對位置信息,進行Peak calling,并進行motif預(yù)測、轉(zhuǎn)錄因子靶基因挖掘、差異Peak和Motif等分析。
需要的,推薦3-5個重復(fù),目的是為了老師實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。
簡單地講, Motif 就是一段特定模式的DNA序列??梢岳斫鉃殚_放的染色質(zhì)區(qū)域有著序列偏好性,而偏向的序列就是motif。
Chip-seq是研究特定轉(zhuǎn)錄因子或者蛋白結(jié)合的區(qū)域,需要用抗體去免疫共沉淀相應(yīng)的區(qū)域。而ATAC-seq無需抗體,可將所有轉(zhuǎn)錄因子或者蛋白可能結(jié)合的區(qū)域用Tn5轉(zhuǎn)座酶切割下來進行測序。
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