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ATAC-seq測序技術(shù)

獲得潛在的活躍轉(zhuǎn)錄因子及其靶基因

產(chǎn)品介紹

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing），基于高通量測序的染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶可接近性實驗。在核小體連接致密的地方，轉(zhuǎn)座酶不能進入，而松散的區(qū)域，轉(zhuǎn)座酶能夠進入并切割下暴露的DNA區(qū)域，并同時連接上特異性的接頭，有接頭的DNA片段被分離出來，用于高通量測序。因此，ATAC-seq可以得是全基因度尺度上處于開放狀態(tài)的染色質(zhì)區(qū)域，并且通過分析染色質(zhì)開放區(qū)域的motif，可以獲得潛在的活躍轉(zhuǎn)錄因子及其靶基因。

標(biāo)準(zhǔn)服務(wù)流程

  • 樣品寄送

  • 建庫測序

  • 數(shù)據(jù)分析

  • 出具報告

  • 售后答疑

測序?qū)嶒灱夹g(shù)流程

ATAC-seq主要實驗流程首先是制備細胞懸液，然后裂解液裂解細胞獲得細胞核，進一步使用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切并純化，最后回收DNA片段，對回收片段進行末端修復(fù)、3’端加A、連接測序接頭，片段大小選擇以及PCA擴增等步驟獲得標(biāo)準(zhǔn)的高通量測序文庫，使用Illumina測序平臺進行測序。

標(biāo)準(zhǔn)信息分析流程

原始測序Reads經(jīng)過去接頭和過濾低質(zhì)量，獲得Clean Reads。將Clean Reads與參考基因組序列進行比對，通過Reads在基因組上的比對位置信息，進行Peak calling，并進行motif預(yù)測、轉(zhuǎn)錄因子靶基因挖掘、差異Peak和Motif等分析。

結(jié)果展示

2
開放染色質(zhì)區(qū)域可視化圖
3
轉(zhuǎn)錄起始位點附近的開放染色質(zhì)區(qū)域
4
差異開放染色質(zhì)區(qū)域聚類熱圖
5
開放染色質(zhì)motif
6
差異開放染色質(zhì)區(qū)域功能基因富集分析

常見問題

ATAC-seq需要生物學(xué)重復(fù)嗎？

需要的，推薦3-5個重復(fù)，目的是為了老師實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。

到底motif是什么？

簡單地講, Motif 就是一段特定模式的DNA序列?？梢岳斫鉃殚_放的染色質(zhì)區(qū)域有著序列偏好性，而偏向的序列就是motif。

ATAC-seq和Chip-seq的區(qū)別？

Chip-seq是研究特定轉(zhuǎn)錄因子或者蛋白結(jié)合的區(qū)域，需要用抗體去免疫共沉淀相應(yīng)的區(qū)域。而ATAC-seq無需抗體，可將所有轉(zhuǎn)錄因子或者蛋白可能結(jié)合的區(qū)域用Tn5轉(zhuǎn)座酶切割下來進行測序。

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