產(chǎn)品基于百創(chuàng)S1000亞細(xì)胞級(jí)空間轉(zhuǎn)錄組芯片與ONT測(cè)序平臺(tái)相結(jié)合,利用ONT平臺(tái)的超長(zhǎng)讀長(zhǎng)與S1000較傳統(tǒng)平臺(tái)而言更長(zhǎng)的Spatial Barcode(70bp),在后續(xù)的數(shù)據(jù)拆分無(wú)需依賴NGS的數(shù)據(jù)。除空間位置基因表達(dá)情況外還可以獲得基因結(jié)構(gòu)信息的空間位置。
BMKMANU S1000 Full-length Transcriptome By Nanopore
TGS(Third-generation sequencing)數(shù)據(jù)
全長(zhǎng)數(shù)據(jù)拆分出的Valid Barcode 百分比為73.85%,與二代數(shù)據(jù)(88.85%)相比,差別不大,相對(duì)于之前相差幾倍而言這無(wú)疑是一個(gè)大的進(jìn)步。數(shù)據(jù)比對(duì)到基因組,轉(zhuǎn)錄本,轉(zhuǎn)錄本區(qū)域內(nèi)且擁有完整Barcode的比率分別為95.33%、66.44%、49.55%。
Number of Reads | Number of Base | Reads with Valid Barcode | Bases with Valid Barcodes | N50 | Bases Mapped to Transcriptome | Bases Mappedto Transcriptome And with Valid Barcode |
105,553,898 | 70,516,281,320 | 73.85%(88.85%) | 73.42% | 740 | 66.44% | 49.55% |
相關(guān)性分析與降維聚類
數(shù)據(jù)的相似性與準(zhǔn)確性進(jìn)行了展示與介紹,無(wú)論是二代與三代數(shù)據(jù)的UMI/Gene counts per spot的相關(guān)性還是tSEN/U-MAP的降維聚類,都顯示該產(chǎn)品具有非常高的準(zhǔn)確性。這充分說(shuō)明百創(chuàng)S1000全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品完全可以獨(dú)立進(jìn)行數(shù)據(jù)的拆分與挖掘分析,無(wú)需依賴NGS數(shù)據(jù)的校正。
可變剪接與基因融合
空間三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組可以對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。在50μm(Level7)分辨率下,對(duì)各Culster的可變剪接的事件數(shù)量進(jìn)行了分析。結(jié)果顯示外顯子跳躍的類型最多。除可變剪接外,針對(duì)融合基因分析的結(jié)果同樣進(jìn)行了展示。
Level 7(50μm)下各Cluster中預(yù)測(cè)的可變剪接事件數(shù)量統(tǒng)計(jì)
Hpf1 基因同源異構(gòu)體表達(dá)熱圖及外顯子使用
融合基因事件
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