細(xì)菌基因組完成圖基于Illumina二代測序以及PacBio/Oxford Nanopore三代測序平臺(tái),實(shí)現(xiàn)基因組的完整組裝,獲得全面豐富的基因組信息,從而可在致病性、耐藥性、環(huán)境適應(yīng)性、代謝途徑等多角度進(jìn)行功能基因的深入挖掘,對微生物不同表型等特性進(jìn)行深層次研究。
產(chǎn)品 | 測序策略 | 指標(biāo) | 周期 |
細(xì)菌基因組完成圖 |
Illumina?50X?+?ONT?100X |
0?gap |
31個(gè)自然日 |
Pacbio HIFI 30X |
提供方案設(shè)計(jì)到售后服務(wù)整的細(xì)菌基因組研究策略,全面豐富的標(biāo)準(zhǔn)分析以及個(gè)性化多角度解決微生物生物學(xué)意義。
取樣方法 | 保存及運(yùn)輸 |
細(xì)菌菌體
|
-80℃冰箱保存,干冰運(yùn)輸 |
細(xì)菌完成圖三代測序數(shù)據(jù)下機(jī)后,對原始的下機(jī)數(shù)據(jù)(Raw?reads)經(jīng)過數(shù)據(jù)過濾,可得到高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)(subreads)用于后期拼接組裝分析。
利用已預(yù)測得到的基因組信息,如重復(fù)序列、GC含量等,應(yīng)用軟件Circos繪制基因組圈圖。Circos可視化基因組,可以更清晰的探索基因組組件或位置之間的關(guān)系。
利用預(yù)測得到的基因序列與GO功能數(shù)據(jù)庫做blast比對,可以對細(xì)菌基因和蛋白質(zhì)進(jìn)行限定和描述。通過GO分析,可以把基因按照其參與生物學(xué)過程、構(gòu)成細(xì)胞的成分和實(shí)現(xiàn)的分子功能等進(jìn)行分類。
使用基因家族分析中的單拷貝基因家族中的單拷貝基因(物種之間一一對應(yīng)的直系同源基因)構(gòu)建超級(jí)基因序列,利用phyML軟件構(gòu)建物種系統(tǒng)進(jìn)化樹,從而展現(xiàn)物種間的進(jìn)化親緣關(guān)系。
通過共有和特有基因分析,某個(gè)物種特有的基因常與該物種特有的環(huán)境或者進(jìn)化過程相關(guān),分析物種特有的基因也可能可以解釋物種特有的生命特征。在通用數(shù)據(jù)庫注釋部分已經(jīng)對測序菌株的所有基因進(jìn)行了詳細(xì)的功能注釋。
答:細(xì)菌基因組會(huì)有100x的二代測序,其一,二代數(shù)據(jù)組裝檢測細(xì)菌樣品是否有雜菌污染,其二,二代數(shù)據(jù)用于三代數(shù)據(jù)糾錯(cuò)。從而得到完整準(zhǔn)確的細(xì)菌基因組。
答:細(xì)菌細(xì)胞內(nèi)一般會(huì)純在部分質(zhì)粒,細(xì)菌基因組完成圖可以組裝出部分質(zhì)粒信息,但是由于建庫的長度以及質(zhì)粒的數(shù)量限制,不保證完全組裝出所有質(zhì)粒。
答:細(xì)菌基因組比較基因組分析,主要是分析有親緣關(guān)系的細(xì)菌基因之間的差別,通過比較基因組分析親緣遠(yuǎn)近關(guān)系,特有和共有基因以及共線性分析等,找到差異基因,對差異基因進(jìn)行功能注釋,解析近緣關(guān)系細(xì)菌間生理或形態(tài)差別的原因。
項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富,完成微生物基因組項(xiàng)目10000+
ONT、Pacbio雙平臺(tái),提供多種測序方案
專業(yè)的售后服務(wù)體系,完善的微生物數(shù)據(jù)挖掘培訓(xùn)班,省時(shí)、省心、省力
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