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細(xì)菌完成圖

基因組完整組裝

細(xì)菌基因組完成圖技術(shù)介紹

細(xì)菌基因組完成圖基于Illumina二代測序以及PacBio/Oxford Nanopore三代測序平臺(tái),實(shí)現(xiàn)基因組的完整組裝,獲得全面豐富的基因組信息,從而可在致病性、耐藥性、環(huán)境適應(yīng)性、代謝途徑等多角度進(jìn)行功能基因的深入挖掘,對微生物不同表型等特性進(jìn)行深層次研究。

產(chǎn)品 測序策略 指標(biāo) 周期
 

細(xì)菌基因組完成圖

Illumina?50X?+?ONT?100X  

0?gap

 

31個(gè)自然日

Pacbio HIFI 30X

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)到信息分析的解決方案

提供方案設(shè)計(jì)到售后服務(wù)整的細(xì)菌基因組研究策略,全面豐富的標(biāo)準(zhǔn)分析以及個(gè)性化多角度解決微生物生物學(xué)意義。

  • 方案確定

  • 提取檢測

  • 建庫測序

  • 信息分析

  • 售后服務(wù)

技術(shù)策略與送樣要求

  • 二代測序深度: ≥50x、
  • 三代測序深度: ≥100x、承諾指標(biāo)細(xì)菌完成圖 0gap
  • DNA送樣: DNA濃度 ≥20ng/μl(Qubit),DNA質(zhì)量≥3ug(Qubit)DNA電泳條帶單一,無明顯降解。
  • 菌體送樣: 收集生長對數(shù)期菌體,收集離心菌體數(shù)3×10的9次方個(gè),與無菌離心管中,液氮速凍干冰運(yùn)輸。

取樣方法 保存及運(yùn)輸
細(xì)菌菌體

  1. 顯微鏡下觀察細(xì)菌生長狀態(tài),收集處于對數(shù)期的細(xì)菌。
  2. 轉(zhuǎn)移適量體積的培養(yǎng)液(含有約3~4.5×109?細(xì)胞)到1.5ml或2ml尖底離心管中(注意冰上操作)。
  3. 14000?×g?離心1?min收集菌體,小心棄掉培養(yǎng)基(要去除干凈)。
  4. 迅速將離心管蓋緊管蓋,投入液氮中速凍(半小時(shí)以上),轉(zhuǎn)移到-80℃冰箱保存
 

 

-80℃冰箱保存,干冰運(yùn)輸

數(shù)據(jù)質(zhì)控

細(xì)菌完成圖三代測序數(shù)據(jù)下機(jī)后,對原始的下機(jī)數(shù)據(jù)(Raw?reads)經(jīng)過數(shù)據(jù)過濾,可得到高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)(subreads)用于后期拼接組裝分析。

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基因組圈圖

利用已預(yù)測得到的基因組信息,如重復(fù)序列、GC含量等,應(yīng)用軟件Circos繪制基因組圈圖。Circos可視化基因組,可以更清晰的探索基因組組件或位置之間的關(guān)系。

GO注釋分析

利用預(yù)測得到的基因序列與GO功能數(shù)據(jù)庫做blast比對,可以對細(xì)菌基因和蛋白質(zhì)進(jìn)行限定和描述。通過GO分析,可以把基因按照其參與生物學(xué)過程、構(gòu)成細(xì)胞的成分和實(shí)現(xiàn)的分子功能等進(jìn)行分類。

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進(jìn)化樹分析

使用基因家族分析中的單拷貝基因家族中的單拷貝基因(物種之間一一對應(yīng)的直系同源基因)構(gòu)建超級(jí)基因序列,利用phyML軟件構(gòu)建物種系統(tǒng)進(jìn)化樹,從而展現(xiàn)物種間的進(jìn)化親緣關(guān)系。

特有基因代謝通路分析

通過共有和特有基因分析,某個(gè)物種特有的基因常與該物種特有的環(huán)境或者進(jìn)化過程相關(guān),分析物種特有的基因也可能可以解釋物種特有的生命特征。在通用數(shù)據(jù)庫注釋部分已經(jīng)對測序菌株的所有基因進(jìn)行了詳細(xì)的功能注釋。

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成功案例

1、細(xì)菌基因組完成圖為什么要測二代數(shù)據(jù)?

答:細(xì)菌基因組會(huì)有100x的二代測序,其一,二代數(shù)據(jù)組裝檢測細(xì)菌樣品是否有雜菌污染,其二,二代數(shù)據(jù)用于三代數(shù)據(jù)糾錯(cuò)。從而得到完整準(zhǔn)確的細(xì)菌基因組。

2、細(xì)菌基因組完成圖是否可以組裝出質(zhì)粒?

答:細(xì)菌細(xì)胞內(nèi)一般會(huì)純在部分質(zhì)粒,細(xì)菌基因組完成圖可以組裝出部分質(zhì)粒信息,但是由于建庫的長度以及質(zhì)粒的數(shù)量限制,不保證完全組裝出所有質(zhì)粒。

3、細(xì)菌基因組測序中比較基因組分析是什么?

答:細(xì)菌基因組比較基因組分析,主要是分析有親緣關(guān)系的細(xì)菌基因之間的差別,通過比較基因組分析親緣遠(yuǎn)近關(guān)系,特有和共有基因以及共線性分析等,找到差異基因,對差異基因進(jìn)行功能注釋,解析近緣關(guān)系細(xì)菌間生理或形態(tài)差別的原因。

產(chǎn)品優(yōu)勢與項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)

項(xiàng)目10000+

項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富,完成微生物基因組項(xiàng)目10000+

雙平臺(tái)

ONT、Pacbio雙平臺(tái),提供多種測序方案

售后服務(wù)

專業(yè)的售后服務(wù)體系,完善的微生物數(shù)據(jù)挖掘培訓(xùn)班,省時(shí)、省心、省力

高水平分析團(tuán)隊(duì)

豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)

全面的分析內(nèi)容

專業(yè)的售后服務(wù)

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