百創(chuàng)DG1000利用Droplet、油滴包裹、Barcode等技術實現(xiàn)高通量的細胞捕獲??稍跇O短的時間內(110S)完成油包水的過程;儀器設計輕巧便攜;儀器使用的百創(chuàng)C1000芯片為自主設計的2×4獨立芯片,可根據上樣數(shù)量進行靈活調整;同時本產品還具有配套的分析軟件BSCMatrix。
種類約為88萬種,每個膠珠之上有千萬級的探針,每條探針包括四個部分,通用測序引物R1,cell barcode,UMI,poly(dT)VN ,這里我們設計了更長的CB有54個bp,更長的CB可以更好的去兼容三代測序,尤其是ONT測序,可以提升識別效率。
單細胞測序流程 | 外包科研服務 | 自己操作 |
實驗周期 | ?10d | 1?2d |
分析周期 | ?10d | 1?2d |
是否需要運輸 | 運輸時間需1?2d,可能導致細胞活性較低 | 不需運輸,現(xiàn)場解離,細胞活性高 |
將相同的PBMC細胞懸液分3份,通過3個不同實驗人員,用3臺百創(chuàng)DG1000儀器,獨立進行單細胞測序,得到了幾乎一致的細胞聚類分群結果,證明百創(chuàng)DG1000具有很好的可重復性及穩(wěn)定性。
樣品編號 | 數(shù)據量 | 上機理論細胞數(shù) | 細胞數(shù) | 捕獲效率 | 中位基因數(shù) | 中位UMI數(shù) | 總檢測基因數(shù) |
T01 | 108.5G | 10,000 | 6,598 | 66% | 1,184 | 2,249 | 34,590 |
T02 | 101.5G | 10,000 | 6,004 | 60% | 1,092 | 1,965 | 33,798 |
T03 | 93.6G | 10,000 | 5,366 | 54% | 1,173 | 2,171 | 34,865 |
相同樣本分別使用百創(chuàng)DG1000與傳統(tǒng)平臺進行數(shù)據實測。在捕獲效率、中位基因數(shù)目、總捕獲基因數(shù)方面,DG1000平臺性能要略微優(yōu)于傳統(tǒng)平臺。
樣品編號 | 數(shù)據量 | 上機理論細胞數(shù) | 細胞數(shù) | 捕獲效率 | 中位基因數(shù) | 中位UMI數(shù) | 總檢測基因數(shù) |
DG1000 | 53.7G | 5,000 | 2,735 | 54% | 1,315 | 3,217 | 18,657 |
主流平臺 | 54.5G | 10,000 | 5,292 | 53% | 958 | 1,228 | 15,777 |
細胞直徑在55-60μm的原生動物,分別進行了DG1000與主流平臺的測試,主流平臺未能成功捕獲,DG1000不但捕獲成功同時得到了客戶比較認可的數(shù)據,DG1000細胞直徑成功兼容到60μm,為單細胞測序獲得更多細胞類型提供可能。
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