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產(chǎn)品介紹

百創(chuàng)S1000（BMKMANU S1000）是由百邁客生物設計并研發(fā)而來的基于微孔微珠上Spatial Barcode實現(xiàn)對組織切片mRNA分子捕獲的亞細胞級空間轉錄組芯片。百創(chuàng)S1000可以廣泛應用于生物器官發(fā)育、神經(jīng)科學、免疫感染、脅迫應激、生物遺傳進化等生命科學領域的研究。

百創(chuàng)S1000優(yōu)勢

亞細胞分辨率

哺乳動物體細胞平均直徑為10μm，百創(chuàng)S1000空間轉錄芯片分辨率達到了4.8μm，到達亞細胞級別。

多級分辨率調整

百創(chuàng)S1000空間轉錄芯片結果支持從100μm-4.8μm動態(tài)調整。

保留HE染色

百創(chuàng)S1000空間轉錄芯片保留原片HE染色，結合高分辨率的spots聚類，能得到更為精準的結果。

捕獲區(qū)域靈活定制

百創(chuàng)S1000空間轉錄芯片支持1-8個捕獲區(qū)域的靈活訂制。

更好兼容Nanopore三代數(shù)據(jù)

Nanopore有效拆分了接近50%。

Nmuber?of?Reads Number?of?Base Reads?with?Valid?Barcode Bases?with?Valid?Barcodes N50 Bases?Mapped?to?Transcriptome?And?with?Valid?Barcode
105,553,898 70,516,281,320 73.85% 73.42% 740 49.55%

 

二代與三代數(shù)據(jù)的UMI/Gene counts per spot的相關性還是tSEN/UMAP的降維聚類，都顯示具有非常高的一致性。這充分說明百創(chuàng)S1000-Nanopore全長轉錄組產(chǎn)品完全可以獨立進行數(shù)據(jù)的拆分與挖掘分析，無需依賴NGS數(shù)據(jù)的校正。

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UMI counts per spot
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Gene counts per spot

技術原理

在6.8mm * 6.8mm的捕獲區(qū)域內有約220萬個直徑2.5μm的微孔，將布滿oligo（R1+Spatial Barcode+UMI+poly(dT)VN）直徑2.5μm的微球隨機嵌入到微孔之中，形成陣列，相鄰兩個微珠的中心距離為4.8μm。Spatial barcode 種類有為5600萬種，提供了更為長的sptail barcode長度，約為70bp，這能更好的兼容三代測序，能大幅提高nanopore數(shù)據(jù)的BC識別效率。

技術流程

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百創(chuàng)S1000部分實測數(shù)據(jù)

實例一：大鼠胚胎組織

百創(chuàng)S1000分辨率最高可達到4.8μm，相比目前主流空間轉錄組測序芯片精度提高了近400倍，高分辨率下HE染色組織形態(tài)學與spots聚類空間分布圖重合度更高，可以更加精準識別空間基因表達的異質性和組織區(qū)域的特異性。

 

百創(chuàng)S1000芯片spot直徑為2.5μm, 可針對組織亞群在多級分辨率下再聚類分群，高分辨率下組織區(qū)域聚類結果增多。

實例二：百創(chuàng)S1000-Nanopore三代全長

可變剪切分析

融合基因分析

實例三：百創(chuàng)S1000在不同樣本中的實測結果

經(jīng)過不斷地研發(fā)測試，百創(chuàng)S1000以完成多項樣本測試，實測數(shù)據(jù)也表明百創(chuàng)S1000在廣泛樣本上都擁有較好的表現(xiàn)。

產(chǎn)品組成

產(chǎn)品主要由三套試劑盒組成：

  • （1）組織透化試劑盒
  • （2）基因表達試劑盒
  • （3）芯片試劑盒