百創(chuàng)DG1000利用Droplet、油滴包裹、Barcode等技術(shù)實(shí)現(xiàn)高通量的細(xì)胞捕獲??稍跇O短的時(shí)間內(nèi)(110S)完成油包水的過(guò)程;儀器設(shè)計(jì)輕巧便攜;儀器使用的百創(chuàng)C1000芯片為自主設(shè)計(jì)的2×4獨(dú)立芯片,可根據(jù)上樣數(shù)量進(jìn)行靈活調(diào)整;同時(shí)本產(chǎn)品還具有配套的分析軟件BSCMatrix。
種類(lèi)約為88萬(wàn)種,每個(gè)膠珠之上有千萬(wàn)級(jí)的探針,每條探針包括四個(gè)部分,通用測(cè)序引物R1,cell barcode,UMI,poly(dT)VN ,這里我們?cè)O(shè)計(jì)了更長(zhǎng)的CB有54個(gè)bp,更長(zhǎng)的CB可以更好的去兼容三代測(cè)序,尤其是ONT測(cè)序,可以提升識(shí)別效率。
單細(xì)胞測(cè)序流程 | 外包科研服務(wù) | 自己操作 |
實(shí)驗(yàn)周期 | ?10d | 1?2d |
分析周期 | ?10d | 1?2d |
是否需要運(yùn)輸 | 運(yùn)輸時(shí)間需1?2d,可能導(dǎo)致細(xì)胞活性較低 | 不需運(yùn)輸,現(xiàn)場(chǎng)解離,細(xì)胞活性高 |
將相同的PBMC細(xì)胞懸液分3份,通過(guò)3個(gè)不同實(shí)驗(yàn)人員,用3臺(tái)百創(chuàng)DG1000儀器,獨(dú)立進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序,得到了幾乎一致的細(xì)胞聚類(lèi)分群結(jié)果,證明百創(chuàng)DG1000具有很好的可重復(fù)性及穩(wěn)定性。
樣品編號(hào) | 數(shù)據(jù)量 | 上機(jī)理論細(xì)胞數(shù) | 細(xì)胞數(shù) | 捕獲效率 | 中位基因數(shù) | 中位UMI數(shù) | 總檢測(cè)基因數(shù) |
T01 | 108.5G | 10,000 | 6,598 | 66% | 1,184 | 2,249 | 34,590 |
T02 | 101.5G | 10,000 | 6,004 | 60% | 1,092 | 1,965 | 33,798 |
T03 | 93.6G | 10,000 | 5,366 | 54% | 1,173 | 2,171 | 34,865 |
相同樣本分別使用百創(chuàng)DG1000與傳統(tǒng)平臺(tái)進(jìn)行數(shù)據(jù)實(shí)測(cè)。在捕獲效率、中位基因數(shù)目、總捕獲基因數(shù)方面,DG1000平臺(tái)性能要略微優(yōu)于傳統(tǒng)平臺(tái)。
樣品編號(hào) | 數(shù)據(jù)量 | 上機(jī)理論細(xì)胞數(shù) | 細(xì)胞數(shù) | 捕獲效率 | 中位基因數(shù) | 中位UMI數(shù) | 總檢測(cè)基因數(shù) |
DG1000 | 53.7G | 5,000 | 2,735 | 54% | 1,315 | 3,217 | 18,657 |
主流平臺(tái) | 54.5G | 10,000 | 5,292 | 53% | 958 | 1,228 | 15,777 |
細(xì)胞直徑在55-60μm的原生動(dòng)物,分別進(jìn)行了DG1000與主流平臺(tái)的測(cè)試,主流平臺(tái)未能成功捕獲,DG1000不但捕獲成功同時(shí)得到了客戶(hù)比較認(rèn)可的數(shù)據(jù),DG1000細(xì)胞直徑成功兼容到60μm,為單細(xì)胞測(cè)序獲得更多細(xì)胞類(lèi)型提供可能。