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 分類: 公司新聞

百邁客CEO鄭洪坤先生等與Oxford Nanopore 商業(yè)運營副總裁Richard等合影

2019年1月23日,Oxford Nanopore Technology公司(以下簡稱ONT)技術團隊再次來訪北京百邁客生物科技有限公司,并就ONT平臺發(fā)展,公司戰(zhàn)略等進行深入的合作交流。此次來訪,ONT技術人員宣布:當前用戶中,PromethION單Cell產出記錄由百邁客產生(162 Gb/Cell)!

Nanopore平臺是新興的實時單分子納米孔測序技術平臺:借助單個分子通過納米孔時引起孔兩側電位差來實現信號檢測,納米孔的直徑僅允許單個核苷酸聚合物通過,而ATCG四種堿基的帶電性質不同,因此通過電信號差異特征即可檢測出通過納米孔的堿基類型,從而實現測序。

慕然回首,距離百邁客開啟Nanopore研發(fā)項目已經近2年時間,各方面的技術與平臺服務已經十分成熟當前已經有3臺ONT測序通量的PromethION在百邁客投產(了解詳情)。

關于平臺是否好用?技術是否成熟?項目經驗豐富嗎?百邁客實力究竟如何?關心的物種有沒有參考指標?想必大家非常感興趣,有非常多的信息需要了解!為了讓廣大用戶了解百邁客在ONT平臺上的實力,小編將不定期開發(fā)ONT平臺的數據產出情況。

2019年1月下機數據(部分)

注:Species:分析的物種信息;SeqNum:各個長度范圍內序列的數目;SumBase:指各個長度范圍內序列的總長度;N50Len:reads N50長度;N90Len:readsN90長度;MeanLen:平均reads長度;MaxLen:最長reads長度;MeanQual:質量值,準確度=1-10^(-Q/10)。

數據顯示,目前reads N50幾乎均在25 Kb以上,平均Reads N50達到了35 Kb?以上!最長reads N50高達52.8 Kb,最長Reads更是高達1.6 Mb,質量值也幾乎都維持在8以上(堿基準確率~85 %)。PS: 這里的堿基準確率是指未經過糾錯與polish的數據。當組裝后經過糾錯與polish之后,堿基的準確度均在99.99%以上。之前小編已經給大家科普過!

如果大家了解三代主流的組裝方法的話,相信大家一定知道,數據越長,對組裝的幫助越大。小編截獲的數據相應的組裝情報如下

2019年1月組裝數據(部分)

注:Species:分析的物種信息;CtgNum:contig數目;CtgLen:contig總長度;CtgN50:contigN50長度;CtgN90:contigN90長度;CtgMax:最長contig長度。

ContigN50是衡量基因組組裝好壞的一個重要指標,一定程度上來說,contigN50值越高表示組裝的質量越好。組裝數據表中,ONT的組裝數據中contigN50水平均在1 Mb以上(測序深度的高低會有一定的影響,為了更好組裝指標,一般建議進行100X以上),雜合度高的物種組裝結果同樣會略遜色于其它簡單物種。相較之前最強水產組裝結果(N50>22 Mb),ONT作物組裝N50最高值再創(chuàng)新高,達到了27 Mb!(數據評估結果點擊查看)不管大家怎么看,反正小編被如此高的指標深深的震撼了,希望技術團隊再接再厲,創(chuàng)造新的記錄!

好啦,今天的介紹到此為止,欲知后事如何,且聽小編下回分曉!

 

如果您對nanopore測序服務感興趣,歡迎點擊下方按鈕體驗!

 


 

北京百邁客生物科技有限公司是中國大陸一家全部通過 PromthION/GridION平臺及DNA/RNA樣本官方認證的公司。

截至目前為止,百邁客ONT平臺已經建立超過上百種物種類型的文庫,擁有大量的項目經驗!無論是技術還是項目經驗上,我們都實力過硬!如今越來越多可喜的結果已經交付到各位老師的手中~

2018年,百邁客合作文章影響因子累計超過500+!Nature Genetics、Nature Communications、Molecular Plant、Gigascience…合作項目文章源源不斷!

 

 

 

 

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