遺傳進(jìn)化分析怎么做？方法和軟件推薦

想系統(tǒng)學(xué)習(xí)遺傳進(jìn)化常規(guī)分析怎么做？想定制化繪制優(yōu)美的圖形？想了解遺傳進(jìn)化在文章中的應(yīng)用？

這是你嗎？

應(yīng)各位老師需求，百邁客特開辦遺傳進(jìn)化生信分析培訓(xùn)班，面向全體科研工作者，系統(tǒng)學(xué)習(xí)遺傳進(jìn)化中常規(guī)內(nèi)容，并重點進(jìn)行高級圖形繪制。課程設(shè)計覆蓋基因流、分化時間、群體歷史動分析三塊當(dāng)前熱點研究內(nèi)容。

課程亮點：

1、定制化繪制各種優(yōu)美漂亮圖片

2、豐富齊全的學(xué)習(xí)文檔，每一步驟每一代碼詳細(xì)列出

3、課上課下均可獨立操作的專門服務(wù)器

4、理論與實操相結(jié)合，系統(tǒng)學(xué)習(xí)遺傳進(jìn)化課程

5、免費且長期的售后答疑群，保障學(xué)員課下學(xué)習(xí)

6、講師團(tuán)隊專注于動植物領(lǐng)域5年以上，具有豐富的項目經(jīng)驗和培訓(xùn)經(jīng)驗

為了讓大家更系統(tǒng)了解本次課程的相關(guān)培訓(xùn)，現(xiàn)將部分教授內(nèi)容展示如下：

系統(tǒng)發(fā)育樹：

又稱系統(tǒng)發(fā)生樹、系統(tǒng)演化樹、種系發(fā)生樹等。表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種之間的演化關(guān)系樹形圖，用來描述物種之間的分類和演化關(guān)系。本課程帶領(lǐng)學(xué)員學(xué)習(xí)系統(tǒng)發(fā)育樹發(fā)展、相關(guān)術(shù)語、系統(tǒng)發(fā)育樹分類以及建樹步驟，同是針對分析結(jié)果進(jìn)行圖形化繪制，如下圖。

群體結(jié)構(gòu)：

群體結(jié)構(gòu)，又稱群體分層，指所研究的群體中存在基因頻率不同的亞群。群體結(jié)構(gòu)分析有助于理解進(jìn)化過程，并且可以通過基因型和表型的關(guān)聯(lián)研究確定個體所屬的亞群。本次課程帶領(lǐng)學(xué)員學(xué)習(xí)structure和admixture兩款軟件，基于deltak和CV值法進(jìn)行分群，并定制化繪制群體結(jié)構(gòu)圖形（分組和不分組、色系調(diào)整等）。

群體結(jié)構(gòu)和系統(tǒng)發(fā)育樹組合圖：

主成分分析：

設(shè)法將原來眾多的具有一定相關(guān)性的變量(標(biāo)記)重新組合成一組較少個數(shù)的互不相關(guān)的綜合變量(主成分)。主成分分析主要應(yīng)用：群體分層、outlier篩選、亞群進(jìn)化關(guān)系、群體結(jié)構(gòu)矯正。本次課程利用smartpca軟件進(jìn)行實際操作，掌握二維圖和三維圖繪制。

選擇清除分析：

自然選擇促使有利突變在群體中保留下來，與之連鎖的中性位點突變頻率提升，非連鎖的中性位點突變頻率下降；簡單的說就是基因組某區(qū)域由于受到了選擇而消除多態(tài)性，即遺傳多樣性降低，在群體中出現(xiàn)高頻的等位基因和低頻的等位基因。
針對這塊生信領(lǐng)域熱點研究內(nèi)容，本次課程主要介紹PopGenome、vcftools兩款軟件，針對θπ、θw、Fst、Tajima’s D等各種指標(biāo)進(jìn)行分析并圖示化結(jié)果。

除了遺傳進(jìn)化常規(guī)分析內(nèi)容之外，本次課程涵蓋分化時間、基因流、群體歷史動態(tài)三塊高級分析內(nèi)容。部分結(jié)果展示如下：

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課程內(nèi)容列表

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