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LncRNA測(cè)序

產(chǎn)品介紹

長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一類轉(zhuǎn)錄本長度超過200nt、不編碼蛋白的RNA。利用新一代高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行l(wèi)ncRNA測(cè)序，并結(jié)合生物信息學(xué)的預(yù)測(cè)工具進(jìn)行l(wèi)ncRNA分析，有助于科研工作者更快發(fā)現(xiàn)那些具有重要調(diào)控功能的lncRNA，分析其與特定生物學(xué)過程的關(guān)系。該方法可以更加高效地獲取lncRNA序列以及位置信息，且突破了常規(guī)lncRNA芯片檢測(cè)技術(shù)的使用范圍限制，還可對(duì)新的lncRNA進(jìn)行預(yù)測(cè)及功能分析，極大促進(jìn)lncRNA的深入研究。

結(jié)果展示

lncRNA預(yù)測(cè)

lncRNA的預(yù)測(cè)包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。百邁客綜合目前應(yīng)用廣泛的編碼潛能分析方法對(duì)候選lncRNA進(jìn)行進(jìn)一步的篩選，主要包括：CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結(jié)構(gòu)域分析四種方法，目前采取逐級(jí)篩選的方法，最終鑒定得到的noncding transcripts用于后續(xù)lncRNA分析。為直觀展示分析結(jié)果，將4種分析軟件逐級(jí)篩選后的lncRNA進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，做維恩圖。

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lncRNA分類

經(jīng)過四種軟件預(yù)測(cè)篩選后，對(duì)最終得到lncRNA種類及占比情況進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，根據(jù)lncRNA相對(duì)于附近編碼基因的位置將其分為lincRNA、Antisense-lncRNA、Intronic-lncRNA、sense_lncRNA這4類lncRNA，這些lncRNA對(duì)編碼基因的調(diào)控方式不同。lincRNA更可能通過順式方式干擾轉(zhuǎn)錄。Antisense-lncRNA可能在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控基因表達(dá)。

差異表達(dá)lncRNA靶基因富集

在生物體內(nèi)，不同的基因產(chǎn)物相互協(xié)調(diào)來行使生物學(xué)功能，對(duì)差異表達(dá)lncRNA反式靶基因的注釋分析有助于進(jìn)一步解讀基因的功能。KEGG數(shù)據(jù)庫是關(guān)于Pathway的主要公共數(shù)據(jù)庫，GO數(shù)據(jù)庫分類總結(jié)了基因的生物學(xué)功能，對(duì)差異表達(dá)lncRNA靶基因在KEGG、GO數(shù)據(jù)庫中的注釋結(jié)果進(jìn)行富集分析。

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lncRNA與mRNA差異表達(dá)交互式分析

lncRNA與mRNA在不同比對(duì)分析組合中的表達(dá)情況間接的表現(xiàn)了lncRNA和mRNA在某一生物時(shí)間段的表達(dá)關(guān)系，對(duì)差異表達(dá)lncRNA和mRNA表達(dá)量和在染色體上的分布的交互式分析，繪制相應(yīng)的火山圖和MA圖。

成功案例

公司成立多年以來，擁有豐富的項(xiàng)目分析經(jīng)驗(yàn)，累計(jì)完成1千多個(gè)樣品的lncRNA項(xiàng)目研究，物種涉及廣泛，包括人鼠、動(dòng)物、植物常見的組織部為及細(xì)胞樣本?？筛鶕?jù)項(xiàng)目需要選擇方案，保障結(jié)果精準(zhǔn)。

LncRNA測(cè)序?qū)τ跇颖居惺裁匆螅?/span>

答：LncRNA測(cè)序產(chǎn)品可以對(duì)動(dòng)植物、全血、細(xì)胞等組織或者核酸樣本進(jìn)行測(cè)序，分析要求需要有對(duì)應(yīng)物種的參考基因組，具體的送樣指導(dǎo)，請(qǐng)參考如下內(nèi)容：

LncRNA有哪些主要功能？

答：LncRNA的主要功能有：干擾下游基因的表達(dá)；干擾mRNA的剪切，形成不同的剪切形式；與編碼蛋白基因的轉(zhuǎn)錄本形成互補(bǔ)雙鏈，在Dicer酶的作用下產(chǎn)生內(nèi)源性siRNA；作為小分子RNA（如miRNA、piRNA）的前體分子。

Q3.如何進(jìn)行LncRNA的鑒定？

答：lncRNA的預(yù)測(cè)包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。
(1)篩選長度≥200bp，Exon個(gè)數(shù)≥2，F(xiàn)PKM≥0.1的轉(zhuǎn)錄本序列進(jìn)行后續(xù)編碼潛能預(yù)測(cè)；
(2) 應(yīng)用主流的CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結(jié)構(gòu)域分析四種方法對(duì)基本篩選獲得的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行編碼潛能預(yù)測(cè)，保留不具編碼潛能的轉(zhuǎn)錄本序列，四種方法取交集即為最后預(yù)測(cè)出的LncRNA。

Q4.如何對(duì)lncRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè)？

答：基于lncRNA與其靶基因的作用方式，我們采用2種預(yù)測(cè)方法進(jìn)行l(wèi)ncRNA的順式靶基因和反式靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)：
第一種，lncRNA調(diào)控其鄰近基因的表達(dá)，主要根據(jù)lncRNA與gene的位置關(guān)系預(yù)測(cè)，lncRNA 100kb范圍內(nèi)的鄰近基因?yàn)槠漤樖桨谢颍?br /> 第二種，當(dāng)樣本數(shù)目比較多時(shí)，通過樣本間 lncRNA 與 mRNA 的表達(dá)量相關(guān)性分析方法來預(yù)測(cè) lncRNA的反式靶基因。

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從選材到后續(xù)研究內(nèi)容相關(guān)信息的挖掘，整個(gè)流程嚴(yán)謹(jǐn)進(jìn)行，全程跟蹤。

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