CircRNA測(cè)序

產(chǎn)品介紹

環(huán)狀RNA（circRNA）是一類特殊的非編碼RNA分子，也是RNA領(lǐng)域新的研究熱點(diǎn)。與傳統(tǒng)的線性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu)，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定，不易降解。近幾年的研究表明，circRNA在生物的生長發(fā)育、對(duì)外界環(huán)境的抵御等方面具有重要的調(diào)控作用。CircRNA功能眾多，可作為miRNA的海綿，競爭性結(jié)合miRNA，發(fā)揮ceRNA的調(diào)控功能，調(diào)控基因表達(dá)。近年來還發(fā)現(xiàn)與疾病的發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)，在疾病診斷標(biāo)記物等方向具有很大的應(yīng)用前景。

分析內(nèi)容

多種標(biāo)準(zhǔn)化和個(gè)性化分析

標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析：與參考基因組對(duì)比、circRNA來源基因分析、預(yù)測(cè)circRNA、circRNA表達(dá)水平分析

高級(jí)數(shù)據(jù)分析：circRNA-miRNA互作分析、互作網(wǎng)絡(luò)圖繪制、ceRNA分析、WGCNA分析

circos分析

我們會(huì)對(duì)CircRNA在基因組上的分布作統(tǒng)計(jì)分析，并用circos圖呈現(xiàn)出各個(gè)樣品CircRNA表達(dá)量。circos圖清晰展示出不同樣品某位點(diǎn)環(huán)狀RNA剪接穩(wěn)點(diǎn)的數(shù)量及junction reads覆蓋深度。

差異CircRNA來源基因注釋

生物體內(nèi)，在特定條件下某些基因?qū)?yīng)的轉(zhuǎn)錄本會(huì)形成環(huán)狀RNA，失去編碼功能，從而影響生物學(xué)表型。因此，針對(duì)circRNA的來源基因分別進(jìn)行GO和KEGG注釋及富集分析，有助于深入挖掘circRNA功能。

CircRNA預(yù)測(cè)

百邁客綜合目前應(yīng)用最廣泛的CircRNA預(yù)測(cè)軟件對(duì)環(huán)狀RNA成環(huán)的剪接位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)，候選CircRNA的剪接位點(diǎn)兩側(cè)存在GU/AG。相同染色體上來源基因起止位點(diǎn)相同即為同一CircRNA。多個(gè)樣品取并集得到的所有CircRNA用于后續(xù)分析。并且將CircAtlas數(shù)據(jù)庫作為ircBase數(shù)據(jù)庫的補(bǔ)充，使常見物種的已知circRNA鑒定的結(jié)果更加完善，更加豐富。

差異CircRNA聚類分析

聚類分析用于判斷差異基因在不同實(shí)驗(yàn)條件下的表達(dá)模式，可通過將表達(dá)模式相同或相近的基因聚集成類，從而識(shí)別未知基因的功能或已知基因的未知功能，同類基因可能具有相似的功能或共同參與同一代謝過程。對(duì)篩選出的差異表達(dá)CircRNA做層次聚類分析，將具有相同或相似表達(dá)行為的CircRNA進(jìn)行聚類。

?成功案例

公司成立多年以來，擁有豐富的項(xiàng)目分析經(jīng)驗(yàn)，累計(jì)完成近千個(gè)樣品的circRNA項(xiàng)目研究，物種涉及廣泛，包括人鼠、動(dòng)物、植物常見的組織部為及細(xì)胞樣本?？筛鶕?jù)項(xiàng)目需要選擇方案，保障結(jié)果精準(zhǔn)。