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發(fā)布于 2021年8月30日

2021年8月，基因組調(diào)研圖（survey）分析正式入駐百邁客云平臺(tái)！
簡(jiǎn)單幾步，告別碼農(nóng)！

調(diào)研圖分析背景介紹

一個(gè)物種基因組組裝質(zhì)量的好壞，其中一個(gè)重要指標(biāo)就是看組裝的大小是否符合這個(gè)物種的預(yù)估值。偏大可能是存在冗余，需要進(jìn)行片段取舍；若偏小，可能是組裝的片段缺失；無(wú)論哪種都不利于后續(xù)基因組的應(yīng)用。而預(yù)估物種基因組大小的主流方法有兩種：①流式細(xì)胞儀測(cè)定DNA含量；②基于測(cè)序片段統(tǒng)計(jì)計(jì)算基因組大小，也就是Survey調(diào)研圖分析。survey以二代測(cè)序技術(shù)為基礎(chǔ)，基于小片段文庫(kù)進(jìn)行低深度測(cè)序，通過(guò)K-mer分析，快速獲得基因組大小、雜合度、重復(fù)序列比例等基本信息。為制定該物種的全基因組de novo測(cè)序策略提供有效依據(jù)。原理詳見往期介紹:什么是基因組Survey？為什么要做基因組Survey？

Ranallo-Benavidez T et al., Nature Communications. 2020

? ? ? ?流式技術(shù)測(cè)定結(jié)果依賴于內(nèi)參物種準(zhǔn)確性，且難以預(yù)判物種復(fù)雜程度；Survey的判斷則受到主峰選擇的干擾。兩種方法各有利弊，因此在預(yù)估基因組大小時(shí)往往會(huì)結(jié)合進(jìn)行判斷，將物種大小鎖定在一定的范圍內(nèi)。

? ? ? ?但僅知道物種大小是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的，現(xiàn)在為了完成更高質(zhì)量基因組組裝通常需要選擇不同類型的材料。例如為了構(gòu)建0?Gap的高連續(xù)性基因組，會(huì)選擇超高純合度的材料（通過(guò)自交純合或是花藥培養(yǎng)等）來(lái)降低組裝中的障礙。亦或是為了完成二倍體基因組雙單倍體的組裝，選擇超高雜合度的材料（例如遠(yuǎn)緣雜交或是野生材料篩選等）來(lái)增加基因組中同源對(duì)的差異，從而進(jìn)行區(qū)分與組裝。

? ? ? ?因而，能夠判斷物種基因序列差異程度（雜合度）的Survey在基因組研究中就顯得尤為重要。但是survey需要通過(guò)一定的生信手段進(jìn)行數(shù)學(xué)統(tǒng)計(jì)才可完成分析，需要課題組有一定的計(jì)算資源與人員配置。百邁客調(diào)研圖云分析app在無(wú)需生信基礎(chǔ)，無(wú)需資源配置的情況下，僅需一個(gè)百邁客云平臺(tái)賬號(hào)，簡(jiǎn)單幾步鼠標(biāo)操作即可完成survey分析。

基因組調(diào)研圖分析平臺(tái)介紹

（1）從百邁客官方云平臺(tái)登錄即可找到基因組調(diào)研圖分析平臺(tái)APP界面。百邁客云平臺(tái)網(wǎng)址：http://www.biocloud.net/

（2）分析過(guò)程簡(jiǎn)單易上手，從數(shù)據(jù)上傳到參數(shù)設(shè)置，只需要簡(jiǎn)單4步即可完成項(xiàng)目數(shù)據(jù)投遞和分析；

a.支持二代雙端測(cè)序數(shù)據(jù)，且數(shù)據(jù)不限來(lái)源：百邁客項(xiàng)目直接推送、非百邁客項(xiàng)目可自主上傳（注：調(diào)研圖分析數(shù)據(jù)深度宜在50X左右）。

b.為了更好區(qū)分所分析項(xiàng)目，可自主填寫報(bào)告名稱和物種拉丁名（選填）。動(dòng)植物材料選取過(guò)程中易受到微生物或其他生物污染，因此通過(guò)選擇分析物種所在類別，進(jìn)行應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)判斷污染情況。物種污染程度為材料可用性提供重要依據(jù)。

c. 背景信息填寫（選填）：調(diào)研圖分析會(huì)擬合多種分析結(jié)果，近緣物種大小\項(xiàng)目物種流式大小以及預(yù)估物種倍性的填寫，可輔助調(diào)研圖判斷最佳分析結(jié)果。針對(duì)前期背景信息未知情況，APP將根據(jù)峰型擬合情況，挑選最適結(jié)果。無(wú)論填寫與否，質(zhì)控報(bào)告中均會(huì)提供全部擬合結(jié)果供使用者挑選。

d.質(zhì)體的存在會(huì)影響基因組評(píng)估的準(zhǔn)確性，可通過(guò)選擇是否過(guò)濾來(lái)進(jìn)行不同處理。