PCR(Polymerase chain reaction)即聚合酶鏈式反應,是一種體外擴增基因的技術(shù)或獲得目的基因片段的方法。在分子生物學實驗中已占有及其重要的地位。隨著越來越多的基因研究,PCR已走進了實驗人的千家萬戶。請讀者跟著小編的步伐,揭開PCR的神秘面紗!
不少初入基因克隆的新手來說,PCR實驗結(jié)果常常不理想,別急,根據(jù)小編的經(jīng)驗,總結(jié)了大概有以下幾點的原因,或許會幫助屏幕前的你走出誤區(qū):
PCR擴增無目的條帶
這種結(jié)果的出現(xiàn)是所有失敗里面出現(xiàn)次數(shù)多的情況,比較好的方法就是嘗試更換引物,如果不是以下原因出現(xiàn)的話,引物的好壞決定了PCR實驗的成敗。通常情況下,引物擴增效率高的話,即便溫差在5度,都可以獲得很理想的結(jié)果,且特異擴增。一般選擇引物GC含量在40%-60%,堿基數(shù)在19-23bp即可。GC含量高,可以減少堿基的數(shù)量,含量少,可以增加堿基的數(shù)量。
PCR出現(xiàn)非特異擴增
這種情況的出現(xiàn)一般都是引物的特異性較差,或者也有可能是模板濃度太高,致使模板鏈數(shù)量太多,引物極易錯誤配對,此時可適當稀釋模板,應該會有很好的效果,但還有一種極其特殊的情況,就是出現(xiàn)了污染。
常見污染來源:
1:槍桿的污染,這是實驗室最常見的污染,由于上次吸液動作劇烈,移液時會把上次污染源帶入到實驗中,而PCR最容易受到微量液體的污染,導致實驗失敗。
2:手套等外源核酸酶的污染,以及PCR體系的水一定選擇滅菌水。
PCR條帶弱
有目的條帶,但是濃度低,引物如果沒有問題的話,那就是模板講解的原因。根據(jù)實驗室經(jīng)驗表明,模板最多不凍融超過兩次,四度溶解后保存不能超過一個星期,其實一個星期之內(nèi),隨著時間的延長,條帶會逐漸減弱,七天之后就沒有了,所以模板的保存很重要。
巢式PCR(nested PCR)
巢式PCR就是利用PCR擴增的產(chǎn)物當模板,在目的基因片段內(nèi)再設計一對嵌套引物,作為巢式PCR引物,此時經(jīng)過幾輪PCR后,目的擴增產(chǎn)物的濃度就會很高,但同時也會引入一些堿基突變。適用于基因表達量低的基因克隆或者提高目的片段的濃度,會有不錯的效果。
半巢式PCR, 利用一個嵌套引物,而不是一對,原理同巢式PCR相似,都會使目的片段增亮幾個級別。

圖1 原始PCR產(chǎn)物

圖2 半巢式PCR產(chǎn)物
小編在做基因克隆時,如果要對圖1PCR產(chǎn)物送去測序,濃度會很低,達不到測序的濃度,當時就利用半巢式PCR, 經(jīng)過切膠,成功獲得了目的片段序列。
產(chǎn)物保存
盡量不要在4度超過一天,DNA很容易降解,保存時間太長的話會對實驗結(jié)果產(chǎn)生一定的影響,超過兩天很有可能就會使條帶消失。建議直接膠回收并進行后續(xù)實驗。
在此,給大家介紹一款百邁客生物公司的 PCR Mix試劑盒–Biomarker HS 2X HF Master Mix,該產(chǎn)品具有以下特點:
高特異性
該試劑盒中的DNA聚合酶添加了能夠抑制酶活性的單克隆抗體,可進行高特異性的熱啟動PCR。
高保真性
該酶是具備高保真度的熱穩(wěn)定DNA聚合酶之一,其保真度比Pyrococcus furiosus DNA聚合酶高6倍。
平末端擴增產(chǎn)物
該酶具和3′-5’和有5′-3’持續(xù)合成活性酸外切酶活性,其擴增產(chǎn)物為平末端。
操作簡單
該預混液中僅需加入DNA 模板、引物和水即可進行擴增。
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