FFPE空間轉(zhuǎn)錄組4篇文獻(xiàn)應(yīng)用案例

文章題目：Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer

發(fā)表時間：2022年3月

文獻(xiàn)二：FFPE空間轉(zhuǎn)錄組揭示人肺組織感染?SARS-CoV-2空間共定位

文章題目：Dual spatially resolved transcriptomics for SARS-CoV-2 host-pathogencolocalization studies in humans

發(fā)表時間：2022年3月，bioRxiv

發(fā)表單位：瑞典斯德哥爾摩SciLifeLab KTH 皇家理工學(xué)院基因技術(shù)系

摘要：關(guān)于宿主如何對病原體作出反應(yīng)以及病原體感染如何成為各種生物過程和疾病狀態(tài)的基礎(chǔ)，仍有很多未知之處。為了促進(jìn)對細(xì)胞宿主-病原體在空間分子相互作用的理解，促進(jìn)共同捕獲宿主和病原體空間轉(zhuǎn)錄組信息的技術(shù)，本文利用FFPE空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)從感染新冠病毒人肺石蠟包埋 (FFPE) 13個組織切片中捕獲宿主和病原體空間基因表達(dá)，驗(yàn)證了對 SARS-CoV-2 的空間檢測，與 RNAScope 相比，平均特異性為 94.92%，與原位相比，平均特異性為 82.20%測序（ISS）。COVID-19 組織表現(xiàn)出宿主免疫反應(yīng)的上調(diào)，例如炎性細(xì)胞因子、淋巴細(xì)胞和成纖維細(xì)胞標(biāo)志物的表達(dá)增加。共定位分析表明，SARS-CoV-2 +斑點(diǎn)呈現(xiàn)出宿主 RNA 代謝、自噬、NFκB 和干擾素反應(yīng)途徑的變化。該方法的未來應(yīng)用將通過同時、無偏見地檢測兩個轉(zhuǎn)錄組，對宿主對病原體感染的反應(yīng)提供新的見解。

文獻(xiàn)三：FFPE空間轉(zhuǎn)錄組在小鼠主動脈中的研究

文章題目：Spatial transcriptome sequencing of FFPE tissues at cellular level

發(fā)表時間：2020年10月，bioRxiv

發(fā)表單位：耶魯大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程系

文獻(xiàn)四：FFPE空間轉(zhuǎn)錄組在卵巢癌肉瘤中的研究

文章題目：Genome-wide Spatial Expression Profiling in FFPE Tissues

發(fā)表時間：2020年7月，bioRxiv

發(fā)表單位：瑞典KTH皇家理工學(xué)院

摘要：福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 是最普遍的長期組織保存方法。本文利用FFPE空間轉(zhuǎn)錄組組測序檢測在小鼠大腦的冠狀切片中進(jìn)行了表達(dá)譜分析和細(xì)胞類型映射，以展示該方法從分子角度描繪解剖區(qū)域的能力，并探索了卵巢癌肉瘤樣本中轉(zhuǎn)錄組特征的空間基因表達(dá)特征，組織形態(tài)主要是癌和肉瘤細(xì)胞的異質(zhì)混合物，散布著脂肪小葉 以及免疫細(xì)胞浸潤、脈管系統(tǒng)和一些分散的沙粒體的存在，空間揭示腫瘤的癌變部位為高級別漿液性癌，呈高細(xì)胞密度巢狀形態(tài)，由于乳頭融合，有許多不規(guī)則的狹縫狀空間，肉瘤成分的特征是具有增加的核異型性的纖維梭形細(xì)胞，以及腫瘤浸潤脂肪組織的全景空間表達(dá)分子圖譜。