時(shí)空組學(xué)研究前沿進(jìn)展【第6期】

亞細(xì)胞級(jí)別分辨率的細(xì)胞分割算法

期刊： Nature Methods

IF：48

時(shí)間：2023年7月

全文：http://specchiomagico.net/wp-content/uploads/2023/08/unnamed-file-4.pdf

作者開發(fā)了命名為亞細(xì)胞空轉(zhuǎn)細(xì)胞分割技術(shù)的算法：SCS。該算法相比其他分割算法更為準(zhǔn)確地識(shí)別每個(gè)細(xì)胞的位置，并能標(biāo)注其細(xì)胞類型。還能進(jìn)一步提供有關(guān)細(xì)胞內(nèi)RNA分子的亞細(xì)胞定位的信息。從而使研究人員能夠深入探究細(xì)胞在組織內(nèi)的活動(dòng)。

單細(xì)胞技術(shù)解析靈長(zhǎng)類脊髓損傷修復(fù)機(jī)制

期刊：Nature Communication

IF：16.6

時(shí)間：2023年8月

全文：http://specchiomagico.net/wp-content/uploads/2023/08/unnamed-file-5.pdf

作者通過對(duì)構(gòu)建的胸段全橫斷脊髓損傷恒河猴模型進(jìn)行了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，深入解析了完全性脊髓損傷近端和遠(yuǎn)端不同區(qū)域的細(xì)胞動(dòng)態(tài)變化。并進(jìn)一步研究了膠原材料支架移植對(duì)完全性脊髓損傷不同區(qū)域的治療效應(yīng)和機(jī)制。

同時(shí)檢測(cè)轉(zhuǎn)錄水平與Hi-C的單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)

期刊：Nature Structural & Molecular Biology

IF：16.8

時(shí)間：2023年8月

全文：http://specchiomagico.net/wp-content/uploads/2023/08/hicmrna.pdf

作者建立了能實(shí)現(xiàn)了在單個(gè)細(xì)胞中同時(shí)檢測(cè)染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)（Hi-C）和轉(zhuǎn)錄表達(dá)的單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)方法——scCARE-seq。并利用小鼠胚胎干細(xì)胞中驗(yàn)證了該方法的效果。結(jié)果表明，此方法優(yōu)化了單細(xì)胞Hi-C聚類結(jié)果，矯正了細(xì)胞周期的干擾，進(jìn)一步促進(jìn)Hi-C與轉(zhuǎn)錄之間動(dòng)態(tài)調(diào)控關(guān)系的研究。