自2023年6月，百創(chuàng)時空技術(shù)第一篇文章見刊至今19個月內(nèi)，使用百創(chuàng)時空技術(shù)文章累計33篇，在線文章平均影響因子12+，涉及哺乳動物（含人鼠）、水生（淡水及海洋）、禽類、兩棲、林木、作物及蔬菜等26個物種，25個組織類型，涵蓋腫瘤研究、疾病機制、再生、進化、發(fā)育、綜述建議及技術(shù)算法等領(lǐng)域。
部分文章展示
1.腫瘤研究
中文題目：整合分子和空間分析揭示原位和侵襲性肢端黑色素瘤的進化動態(tài)和腫瘤免疫相互作用
發(fā)表期刊：Cancer Cell
發(fā)表年份：2024
影響因子：48.8
DOI號：10.1016/j.jhazmat.2025.137375
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、WES、Multi-region sequencing、Bulk RNA seq、10X Chromium、CODEX
樣本類型：人原位黑色素瘤（AMis）和侵襲性黑色素瘤（iAM）的腫瘤組織，相鄰正常皮膚，外周血
文章簡介：
為在空間水平探究 APOE+CD163+ 巨噬細胞亞群與 EMT 腫瘤細胞的互相作用，研究人員利用百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)對10例 AM 樣本進行了實驗（數(shù)據(jù)中能夠明確區(qū)分表皮的基底層、棘層、顆粒層以及汗腺和血管，腫瘤區(qū)域高表達黑色素基因MLANA、PMEL、TYPR?和 DCT）。
數(shù)據(jù)表明（與單細胞數(shù)據(jù)聯(lián)合分析）C3 亞型的 EMT 腫瘤細胞占比高，并且有 APOE+CD163+ 巨噬細胞的浸潤，巨噬細胞與 EMT 腫瘤細胞具有共定位特征。CellChat 互作分析驗證了 APOE+CD163+ 巨噬細胞的高度受體配體互作，與單細胞轉(zhuǎn)錄組結(jié)果高度一致（APOE+/CD163+ 巨噬細胞是空間中 IGF 通路網(wǎng)絡(luò)的發(fā)送者（sender）和影響者（Influencer））。使用空間單細胞蛋白組學對患者腫瘤免疫微環(huán)境進行了深入分析，結(jié)果顯示APOE+CD163+ TAM和EMThigh腫瘤細胞存在高度相關(guān)的定位，這與空間轉(zhuǎn)錄組的結(jié)果一致。
2.疾病機制
中文題目：單細胞RNA測序研究全氟辛酸誘導(dǎo)的小鼠胚胎著床損傷
發(fā)表期刊：Journal of Hazardous Materials
發(fā)表年份：2025
影響因子：12.2
DOI號：https://doi.org/10.1073/pnas.2310163120
文章采用技術(shù)：BMKMANU DG1000、Bulk RNA seq、LC-MS/MS
樣本類型：鼠子宮
文章簡介：
全氟辛酸（PFOA）是一種環(huán)境持久性化學物質(zhì)，對人類健康構(gòu)成顯著風險。研究表明PFOA會影響女性生殖，但其對子宮內(nèi)膜容受性和潛在機制的具體影響尚不清楚。
該研究通過小鼠模型，研究了低劑量PFOA暴露對子宮內(nèi)膜容受性的影響。結(jié)果表明，PFOA暴露顯著損害了子宮內(nèi)膜容受性，導(dǎo)致胚胎著床率顯著下降。利用單細胞RNA測序技術(shù)，研究者全面分析了PFOA破壞子宮內(nèi)膜上皮細胞功能和發(fā)育的具體機制。值得注意的是，研究者發(fā)現(xiàn)ANGPTL（血管生成素樣）信號通路失調(diào)，這一通路對于子宮內(nèi)膜基質(zhì)細胞和上皮細胞之間的通信至關(guān)重要，最終導(dǎo)致胚胎著床失敗。這些發(fā)現(xiàn)為PFOA的生殖毒性提供了新的見解，并強調(diào)了針對環(huán)境污染物相關(guān)不孕癥治療干預(yù)的潛在靶點。
3.再生研究
中文題目：空間轉(zhuǎn)錄組測序揭示番茄愈傷組織芽再生的分子機制
發(fā)表期刊：PNAS
發(fā)表年份：2023
影響因子：10.1
DOI號：https://doi.org/10.1073/pnas.2310163120
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、10X Visium、10X Chromium
樣本類型：番茄愈傷組織
文章簡介：
該研究首次揭示了番茄愈傷組織內(nèi)部細胞的異質(zhì)性，并在單細胞水平上詳細解析了激素信號和重要調(diào)控因子在各種細胞和組織中的表達情況。研究結(jié)果不僅發(fā)現(xiàn)了表皮和芽原基細胞的亞型和功能，還揭示了綠色組織（chlorenchyma）細胞在芽原基細胞位置和分化發(fā)展中的重要作用，以及光照如何通過促進綠色組織細胞的發(fā)育和激活雷帕霉素靶蛋白TOR來推動芽再生過程。
4.綜述建議
中文題目：系統(tǒng)比較基于測序的空間轉(zhuǎn)錄組學方法
發(fā)表期刊：Nature Methods
發(fā)表年份：2024
影響因子：36.1
DOI號：?10.1038/s41592-024-02325-3
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、Visium、Slide-seq V2、Salus、DynaSpatial、DBiT-seq、PIXEL-seq、Slide-tag、Curio Seeker、HDST、In situ hybridization
樣本類型：小鼠胚胎（眼球）、成年小鼠大腦（海馬）、小鼠嗅球
文章簡介：
空間轉(zhuǎn)錄組學（sST）技術(shù)使得在組織水平上測量基因表達的空間分布成為可能。然而，目前對于不同sST平臺的系統(tǒng)性比較研究還較為缺乏，技術(shù)之間的差異和數(shù)據(jù)集的多樣性給標準化評估指標的制定帶來了挑戰(zhàn)。
該研究建立了一套具有明確組織學結(jié)構(gòu)的參考組織和區(qū)域，并利用這些參考組織生成數(shù)據(jù)，比較了11種sST方法。研究發(fā)現(xiàn)，分子擴散是不同方法和組織之間的變量參數(shù)，顯著影響有效分辨率。
此外，空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)展示了單細胞數(shù)據(jù)所不具備的獨特屬性，例如增強捕獲模式化稀有細胞狀態(tài)及其特定標記物的能力，盡管這種能力受到測序深度和分辨率等多種因素的影響。該研究為生物學家選擇sST平臺提供了指導(dǎo)，有助于促進評估標準的共識形成，并為未來基準測試工作建立框架，可作為開發(fā)和評估空間轉(zhuǎn)錄組分析計算工具的黃金標準。
5.發(fā)育研究
中文題目：組織學和單細胞核轉(zhuǎn)錄組分析揭示玉米莖葉枕發(fā)育中韌皮纖維細胞的特化功能和調(diào)控葉片角度的關(guān)鍵因子
發(fā)表期刊：Molecular Plant
發(fā)表年份：2024
影響因子：27.5
DOI號：10.1016/j.molp.2024.05.001
文章采用技術(shù)：BMKMANU DG1000、Bulk RNA seq、Chip-seq、RNA原位雜交、CRISPR/Cas9
樣本類型：玉米莖葉
文章簡介：
葉片角度（Leaf Angle, LA）是影響玉米種植密度和產(chǎn)量的關(guān)鍵因素。然而，調(diào)控葉片角度形成的機制尚不清楚。該研究通過對不同玉米自交系的莖葉枕區(qū)域進行比較組織學分析，發(fā)現(xiàn)葉片角度大小顯著受到莖葉枕上表皮韌皮纖維細胞（SC）的初始伸長和隨后的木質(zhì)化的影響。通過批量和單細胞核RNA測序，生成了莖葉枕區(qū)域的全面轉(zhuǎn)錄組圖譜，并鑒定了許多可能影響其特化為SC的下皮細胞富集基因。
此外，研究者功能驗證了兩個編碼非典型bHLH轉(zhuǎn)錄因子的基因bHLH30及其同源基因bHLH155，它們在伸長的上表皮細胞中高表達。遺傳分析表明，bHLH30和bHLH155正向調(diào)控葉片角度的擴張，分子實驗表明它們能夠激活細胞伸長和SC木質(zhì)化相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄。這些發(fā)現(xiàn)突出了莖葉枕上表皮SC在通過限制莖葉枕細胞的進一步延伸和增強機械強度來調(diào)控葉片角度方面的特化功能。莖葉枕區(qū)域的單細胞核轉(zhuǎn)錄組圖譜不僅加深了研究者對葉片角度調(diào)控的理解，還為現(xiàn)代玉米育種中優(yōu)化植物結(jié)構(gòu)提供了許多潛在靶點。
6.技術(shù)算法
中文題目：利用基于膜的邊界定義和提高單細胞分辨率來提高空間轉(zhuǎn)錄組學
發(fā)表期刊：Small Methods
發(fā)表年份：2025
影響因子：15.36
DOI號：?10.1002/smtd.202401056
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、scRNA-seq
樣本類型：小鼠（腦、腸和肝），球墨西哥鈍口螈（腦、腸和肝）
文章簡介：
準確界定細胞邊界是空間轉(zhuǎn)錄組學（Spatial Transcriptomics, ST）的技術(shù)難題。目前常用的方法是基于細胞核染色或數(shù)學推導(dǎo)，這些方法要么排除了細胞質(zhì)，要么只能確定假設(shè)性的邊界。
該研究提出了一種新的細胞邊界定義方法：利用基因編碼的熒光蛋白對細胞膜進行標記，從而能夠在組織切片上精確定位細胞內(nèi)的測序位點和轉(zhuǎn)錄本。與基于細胞核的方法相比，這種基于細胞膜的方法顯著增加了捕獲的基因數(shù)量，小鼠和墨西哥鈍口螈肝臟中基因數(shù)量分別增加了67%和119%。
此外，該方法獲得的表達譜與單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)更為一致，顯示出更合理的聚類和明顯的細胞類型特異性標記。該方法還提高了單細胞分辨率，能夠更好地識別稀有細胞類型并詳細解析墨西哥鈍口螈大腦和腸的空間域。除了常規(guī)細胞外，該方法還能夠準確識別小鼠肝臟中的多核細胞和無核細胞，展示了其分析復(fù)雜組織和器官的能力，這是以往方法無法實現(xiàn)的。該研究為改善空間轉(zhuǎn)錄組學提供了一種強大的工具，具有廣泛應(yīng)用于生物學和醫(yī)學科學的潛力。
7.進化研究
中文題目：追蹤空氣鳳梨從陸地到空中生態(tài)位的進化和遺傳足跡
發(fā)表期刊：Nature Communications
發(fā)表年份：2024
影響因子：14.919
DOI號：10.1038/s41467-024-53756-7
文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、SMART-seq、16S rRNA測序、全基因組重測序、基因組組裝
樣本類型：空氣鳳梨亞科植物
文章簡介：
該研究以鳳梨科的空氣鳳梨亞科為模型植物，探索其起源、進化和多樣性。通過基于核轉(zhuǎn)錄組序列的系統(tǒng)發(fā)育樹分析，發(fā)現(xiàn)核心空氣鳳梨起源于約1130萬年前的安第斯山脈。安第斯山脈的地質(zhì)抬升推動了空氣鳳梨向儲水型和空氣型的分化?；蚪M和轉(zhuǎn)錄組分析揭示了與儲水型和吸收性毛狀體等適應(yīng)性特征相關(guān)的基因變異和丟失。此外，研究還發(fā)現(xiàn)了空氣鳳梨葉表皮中特定的固氮細菌群落，可能是其獲取氮素的潛在來源。該研究為理解空氣鳳梨對空中生態(tài)位的適應(yīng)性進化提供了多組學視角。
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