組學研究，構(gòu)建物種綜合數(shù)據(jù)云

近年來，隨著測序技術(shù)的不斷提高，測序成本逐漸降低，使一些重要物種的測序數(shù)據(jù)呈指數(shù)級增加，而這些數(shù)據(jù)中蘊含著巨大的價值，有力的推動了構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫的新浪潮。物種數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建，能為解答基因組進化、系統(tǒng)發(fā)育等問題提供參考，也有利于指導育種及保護物種多樣性等方面的工作。
構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫的優(yōu)勢不言而喻：首先，物種數(shù)據(jù)庫可作為系統(tǒng)性的展示、查詢、分析的平臺，實現(xiàn)物種多組學數(shù)據(jù)的高效檢索、保存、調(diào)用、分析及深度挖掘；其次，一些具備創(chuàng)新特性的數(shù)據(jù)庫也可單獨作為一項研究成果在SCI論文中進行展示；另外，通過共享云用戶的訪問，可提升第三方數(shù)據(jù)庫的知名度，部分重要物種信息、重要分析結(jié)果可以收費下載，為進一步維護數(shù)據(jù)庫和科研工作提供資金；尤其主要的方面，可共享研究成果，促進業(yè)內(nèi)交流，數(shù)據(jù)庫可作為研究論文的補充，展示研究細節(jié)，也便于其他研究者基于數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)進行進一步的探索，從而提升國內(nèi)相關(guān)領(lǐng)域整體研究水平。對于某個物種已做全各類型組學研究工作或已有大量測序數(shù)據(jù)的科學家們來說，建立在該物種研究領(lǐng)域執(zhí)牛耳學術(shù)地位之較好手段，莫過于構(gòu)建該物種的綜合數(shù)據(jù)庫。

百邁客物種綜合數(shù)據(jù)云平臺

據(jù)悉，北京百邁客云科技有限公司（以下簡稱百邁客）在2017年就正式推出構(gòu)建物種綜合數(shù)據(jù)云的服務(wù)，和傳統(tǒng)數(shù)據(jù)庫相比，百邁客數(shù)據(jù)云有百邁客云+外部域名雙入口，兩個入口共享注冊用戶，可以對關(guān)鍵數(shù)據(jù)設(shè)定下載權(quán)限。百邁客表示，作為一家擁有深厚基因組學數(shù)據(jù)分析行業(yè)背景的大數(shù)據(jù)挖掘分析公司，他們致力于為用戶設(shè)計更貼合使用習慣的基因組學數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，開發(fā)針對物種基因組學數(shù)據(jù)的存儲、管理、查詢、分析的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)。

物種綜合數(shù)據(jù)云基本架構(gòu)

存儲&查詢模塊：設(shè)置了種質(zhì)資源、突變體信息、性狀座位信息、分子標記、基因功能信息、基因組數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的存儲和查詢。

分析工具模塊：分析工具均可從網(wǎng)頁調(diào)用，無需用戶掌握任何編程基礎(chǔ)。包含數(shù)據(jù)云自帶分析工具，比如 blast、blat、引物設(shè)計、轉(zhuǎn)錄因子、metaQTL、共線性分析等；也可調(diào)用部署在百邁客公有云計算平臺（www.biocloud.net）的分析流程（APP）與生信軟件（Tools）。APP包括有參/無參轉(zhuǎn)錄組分析APP、microRNA分析APP、lncRNA分析APP、circleRNA分析APP、重測序分析APP、GWAS個性化分析APP、BSA個性化分析APP、遺傳圖譜個性化分析APP、微生物多樣性分析APP等；Tools模塊包含100余款各類生信分析軟件，涵蓋比對、注釋、繪圖、統(tǒng)計等。

公共數(shù)據(jù)庫模塊：包含7大模塊，分別是高通量測序數(shù)據(jù)庫、功能基因數(shù)據(jù)庫、功能定位數(shù)據(jù)庫、文獻數(shù)據(jù)庫、參考基因組數(shù)據(jù)庫、變異數(shù)據(jù)庫、互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫。

在物種綜合數(shù)據(jù)云構(gòu)建方面，據(jù)相關(guān)人士透露，除了常規(guī)物種數(shù)據(jù)庫包含的所有優(yōu)點以外，該公司構(gòu)建的物種綜合云數(shù)據(jù)云還有兩個尤為突出的優(yōu)勢：1. 后臺管理權(quán)限，用戶無需配備專業(yè)IT運維和美工，基于Web操作界面即可實現(xiàn)數(shù)據(jù)的增刪改查等操作；2. 強大的云平臺支持，數(shù)據(jù)庫可無縫對接百邁客云平臺8大數(shù)據(jù)庫、10多款分析APP和100多款小工具，用戶可以利用數(shù)據(jù)庫部署的簡單分析工具或結(jié)合百邁客云賬號進行數(shù)據(jù)挖掘分析。

數(shù)據(jù)庫展示信息

案例展示

中國農(nóng)科院大豆數(shù)據(jù)庫（www.soybean-resources.cn）
包含了約1500種大豆種質(zhì)資源，382個品種的重測序，7套泛基因組數(shù)據(jù)。

中科院植物所構(gòu)樹數(shù)據(jù)庫（papyrifera.biocloud.net）
包含了構(gòu)樹基因組序列及注釋信息，可進行數(shù)據(jù)的瀏覽、使用、下載。

另獲悉，百邁客正在構(gòu)建的物種綜合數(shù)據(jù)云還包括橡膠樹數(shù)據(jù)庫、柑橘數(shù)據(jù)庫、家禽數(shù)據(jù)庫、球蟲數(shù)據(jù)庫、芝麻數(shù)據(jù)庫等，涉及眾多研究領(lǐng)域。
該公司還表示，百邁客云不僅是面向生物大數(shù)據(jù)分析的開放云平臺，為用戶提供包括生物信息分析APP、計算資源、公共數(shù)據(jù)、信息分析培訓的整合服務(wù)，也是科研工作者的終生制項目管理一站式平臺，相比傳統(tǒng)線下科技服務(wù)，能隨時隨地在線檢視項目全程進展（送樣-提取檢測-建庫-測序-數(shù)據(jù)質(zhì)控-分析-交付），實現(xiàn)云端全結(jié)果交付（結(jié)題報告和結(jié)果文件，個性化結(jié)果，提取檢測報告）的平臺。

科技服務(wù)云時代百邁客極速分析周期

開年之際，為了回饋測序中國讀者及廣大科研工作者的支持與信任，百邁客公司日前推出“鬧元宵·贏大禮·100個轉(zhuǎn)錄調(diào)控云次賬號免費送暨100個全長轉(zhuǎn)錄組超值特惠”活動，名額僅限100名！

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