推薦大家一首姜鵬的《江湖大道》“你贏贏輸輸真真假假反反復(fù)復(fù)//?我站在遠(yuǎn)方虛虛實(shí)實(shí)清清楚楚//?看山看水癡癡迷迷緣聚緣散//?潮落潮起 也是虛無(wú)……”,成熟男人的氣場(chǎng)有沒(méi)有震撼到你？今天與大家分享的內(nèi)容與這首歌沒(méi)有半點(diǎn)關(guān)系，完全是個(gè)人喜好（有點(diǎn)任性哈…）。
學(xué)習(xí)枯燥時(shí)調(diào)劑一下，
尋找一下士力架的感覺(jué)，有木有？
言歸正傳，今天我們來(lái)加深一下那個(gè)“花花綠綠”又顯逼格的聚類(lèi)熱圖。
什么是聚類(lèi)熱圖？以熱圖的形式進(jìn)行聚類(lèi)結(jié)果的展示，可以直觀的從圖上分析哪些數(shù)據(jù)具有相似性，哪些數(shù)據(jù)差異較大。百邁客云（BMKCloud）免費(fèi)推出的聚類(lèi)熱圖工具主要針對(duì)矩陣文件（如不同樣品的基因表達(dá)量、樣本相關(guān)系數(shù)矩陣等）進(jìn)行聚類(lèi)分析及圖片繪制，并且可以根據(jù)研究情況對(duì)繪圖結(jié)果進(jìn)行交互式操作（如篩選數(shù)據(jù)，調(diào)整圖片配色等）。
應(yīng)用場(chǎng)景
使用矩陣數(shù)據(jù)文件進(jìn)行熱圖繪制，通?？梢詫?duì)矩陣數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選，歸一化和聚類(lèi)等處理，多用于不同樣品間基因表達(dá)水平聚類(lèi)分析。主要應(yīng)用在真核有參轉(zhuǎn)錄組、真核無(wú)參轉(zhuǎn)錄組、微生物多樣性等數(shù)據(jù)分析中。
操作步驟
百邁客云首頁(yè)：www.biocloud.net
操作方法
1.輸入文件
（1）文件要求：文件內(nèi)容應(yīng)為制表符隔開(kāi)的文本文件，且大小不可超過(guò)10M。
默認(rèn)首行、首列為表頭，一般每列表示一個(gè)樣品，每行表示一個(gè)基因，也可統(tǒng)計(jì)其他含義的數(shù)據(jù)矩陣。除表頭外，參與統(tǒng)計(jì)繪圖的內(nèi)容應(yīng)為純數(shù)字，文件范例如下：
（2） 指定作圖列：可對(duì)指定列繪圖，如只對(duì)第 2 到第 5 列和第 10 列作圖，可輸入：“2-5,10”。若想按特定順序繪圖，需用逗號(hào)將繪圖列按序列出，并在下方參數(shù)中取消按列聚類(lèi)，如“6,3,2,5,4”。
（3） 指定基因：可輸入基因列表文件，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)過(guò)濾空行或以#開(kāi)頭的行并提取第一列作為指定基因，結(jié)合上方輸入的矩陣文件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)繪圖。
2.參數(shù)設(shè)置
（1）配色方案：設(shè)置繪圖所采用的配色?？梢赃x擇預(yù)制方案，也可以根據(jù)實(shí)際實(shí)際需要自定義配色方案。
（2） 對(duì)數(shù)取值：對(duì)文件數(shù)據(jù)取對(duì)數(shù)后再繪圖。取對(duì)數(shù)可以有效解決數(shù)據(jù)取值范圍過(guò)大導(dǎo)致的配色問(wèn)題。
（3） 歸一化：對(duì)行或列進(jìn)行歸一化處理?？勺?程度地呈現(xiàn)每行或每列的變化信息，避免超高值掩蓋其他數(shù)據(jù)的變化。繪制基因表達(dá)量熱圖時(shí)，常按基因歸一化。
（4） 聚類(lèi)方案：可選擇是否按行、列聚類(lèi)。若按特定樣本順序繪制熱圖，可取消按列聚類(lèi)。
a 行列顯示：可選擇是否顯示行、列 ID。
b 樣品、基因字號(hào)：可調(diào)節(jié)行、列 ID 的字體大小。
?注意事項(xiàng)
（1） 聚類(lèi)分析涉及運(yùn)算分析，當(dāng)分析的基因數(shù)或樣品數(shù)較多時(shí)，繪圖時(shí)間可能較長(zhǎng)，請(qǐng)待任務(wù)完成后點(diǎn)擊預(yù)覽查看、調(diào)整圖片。
（2）如果選擇對(duì)數(shù)據(jù)取對(duì)數(shù)，會(huì)自動(dòng)將取值為 0 的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為接近于 0 的小數(shù)。
結(jié)果展示
（1） 繪圖結(jié)果：繪圖結(jié)果展示區(qū)為您展示初始或調(diào)整后的繪圖結(jié)果，同時(shí)，可通過(guò)圖片區(qū)域的交互操作查看對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)信息，如：
a 鼠標(biāo)懸停于圖中相應(yīng)數(shù)據(jù)格，可顯示其對(duì)應(yīng)的行名、列名和數(shù)值。
b 點(diǎn)擊圖中相應(yīng)的行名或列名，在“查看原數(shù)據(jù)”頁(yè)會(huì)高亮顯示對(duì)應(yīng)行或列。
c 選中行聚類(lèi)樹(shù)某分枝后，可在“查看原數(shù)據(jù)”也篩選出對(duì)應(yīng)行并下載。
（2）全屏預(yù)覽：點(diǎn)擊圖片右上角的縮放按鈕，可全屏預(yù)覽繪圖結(jié)果。選中聚類(lèi)樹(shù)某分枝后點(diǎn)擊縮放按鈕，可在全屏預(yù)覽時(shí)高亮對(duì)應(yīng)的分枝，以便盡快找到目標(biāo)區(qū)域。
（3）圖片下載：點(diǎn)擊預(yù)覽區(qū)右上角的“下載”按鈕，可保存 SVG 或 PNG 格式的繪圖結(jié)果
（4）調(diào)整圖片
a 配色方案：設(shè)置繪圖所采用的配色?？梢赃x擇預(yù)制方案，也可以根據(jù)實(shí)際實(shí)際需要自定義配色方案。
b 對(duì)數(shù)取值：對(duì)文件數(shù)據(jù)取對(duì)數(shù)后再繪圖。取對(duì)數(shù)可以有效解決數(shù)據(jù)取值范圍過(guò)大導(dǎo)致的配色問(wèn)題。
c 歸一化：對(duì)行或列進(jìn)行歸一化處理?？勺?程度地呈現(xiàn)每行或每列的變化信息，避免超高值掩蓋其他數(shù)據(jù)的變化。繪制基因表達(dá)量熱圖時(shí)，常按基因歸一化。
d 聚類(lèi)方案：可選擇是否按行、列聚類(lèi)。若按特定樣本順序繪制熱圖，可取消按列聚類(lèi)。
e 行列顯示：可選擇是否顯示行、列 ID。
f 樣品、基因字號(hào)：可調(diào)節(jié)行、列 ID 的字體大小。
（5）查看數(shù)據(jù)
a 聚類(lèi)數(shù)據(jù)：顯示聚類(lèi)后數(shù)據(jù)矩陣的前100行，樣品和基因順序均與左側(cè)圖中一致。
b 搜索基因：可在搜索欄中輸入關(guān)鍵詞，搜索相應(yīng)基因或基因集。
案例展示
2017年，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)院喻達(dá)輝老師在百邁客云平臺(tái)上對(duì)合浦珠母貝免疫相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，2篇文章（合浦珠母貝）先后分別發(fā)表于同一個(gè)雜志《Fish & Shell?sh Immunology》，這兩篇文章中都進(jìn)行了聚類(lèi)熱圖分析。第一篇文章中研究人員將免疫相關(guān)差異表達(dá)基因按照不同時(shí)期進(jìn)行分層聚類(lèi)分析，第二篇文章中研究人員將不同時(shí)期的unigene進(jìn)行了聚類(lèi)熱圖分析，為后續(xù)研究結(jié)果的呈現(xiàn)做了較好的鋪墊作用。
免疫相關(guān)差異表達(dá)基因按照不同時(shí)期進(jìn)行分層聚類(lèi)
不同時(shí)期unigene聚類(lèi)熱圖
百邁客云平臺(tái)
是由北京百邁客生物科技有限公司開(kāi)發(fā)，集生物信息分析軟件、數(shù)據(jù)庫(kù)以及云計(jì)算為一體的生物大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。功能強(qiáng)大，操作簡(jiǎn)單的聚類(lèi)熱圖就介紹到這里了，后期云平臺(tái)會(huì)為大家準(zhǔn)備更多實(shí)用小工具的操作指引，如果您在操作過(guò)程中遇到任何問(wèn)題都可以聯(lián)系咱們的云客服，歡迎點(diǎn)擊屏幕右下方客服圖像進(jìn)入咨詢(xún)環(huán)節(jié)。
參考文獻(xiàn)
1.Wei J, Liu B, Fan S, et al. Differentially expressed immune-related genes in hemocytes of the pearl oyster Pinctada fucata, against allograft identified by transcriptome analysis[J]. Fish & Shellfish Immunology, 2017, 62:247-256.
2.Wei J, Fan S, Liu B, et al. Transcriptome analysis of the immune reaction of the pearl oyster Pinctada fucata to xenograft from Pinctada maxima.[J]. Fish & Shellfish Immunology, 2017.
轉(zhuǎn)錄調(diào)控事業(yè)部 賴(lài)娟娟 | 文案
吳戈宇 | 審核
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