高通量測(cè)序火了不止一年兩年，很多時(shí)候我們都是先找到自己心儀的相關(guān)基因，然后進(jìn)行下游靶基因的驗(yàn)證。其實(shí)，我們還可以往上游做，以豐富機(jī)制研究的深度，也就是查找基因的啟動(dòng)子以及轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)。那今天我們就來(lái)嘮嘮轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)分析，以及轉(zhuǎn)錄組因子預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)軟件網(wǎng)站。
轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子，在動(dòng)植物的生長(zhǎng)發(fā)育及其對(duì)外界環(huán)境的反應(yīng)中起著重要的調(diào)控作用，已成為現(xiàn)在生物學(xué)研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)，其功能分析是重要的研究?jī)?nèi)容之一。因此我們可以通過(guò)轉(zhuǎn)錄因子注釋，或者可通過(guò)表達(dá)量聚類分析，篩選出關(guān)注生物學(xué)問(wèn)題過(guò)程中起主要調(diào)控作用的一些轉(zhuǎn)錄因子。并且可以結(jié)合WGCNA鑒定的基因模塊，篩選關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子在基因模塊中是否為hub?gene，并通過(guò)預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的靶基因（MEME），篩選出基因模塊中的靶基因，建立以轉(zhuǎn)錄因子為hub?gene的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的文章有很多，例如2015年發(fā)表在Proc?Natl?Acad?Sci的一篇文章，作者通過(guò)玉米種子吸水膨脹不同階段的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，鑒定玉米子葉發(fā)育各階段相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子（TF）其靶向位點(diǎn)（TFBS）。我公司成功案例也有類似的文章，比如2016年發(fā)表在Plant?Cell?Physiol上的一篇文章，介紹的是異源表達(dá)DREB轉(zhuǎn)錄因子（AtDREB1A）提高轉(zhuǎn)基因丹參抗旱性的調(diào)控機(jī)制。
那這個(gè)時(shí)候問(wèn)題就來(lái)了，如何簡(jiǎn)單快捷的進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子注釋研究呢？同志們，福利來(lái)了~百邁客云（BMKCloud）免費(fèi)為您提供轉(zhuǎn)錄因子注釋軟件及數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站，助力各位科研君進(jìn)行深度的數(shù)據(jù)挖掘！
情景一
如您在我們公司有做項(xiàng)目，那當(dāng)結(jié)題報(bào)告和分析結(jié)果將會(huì)在百邁客云（BMKCloud）上進(jìn)行展示，您可在測(cè)序項(xiàng)目中直接進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子。
操作步驟：登錄百邁客云首頁(yè)（www.biocloud.net）——我的項(xiàng)目——報(bào)告——基因結(jié)構(gòu)挖掘——轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)，選擇對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)（植物or動(dòng)物），點(diǎn)擊提交即可。Yes，就是這么easy!
情景二
利用免費(fèi)小工具進(jìn)行分析。操作步驟：登錄百邁客云首頁(yè)（www.biocloud.net）——分析——工具
在對(duì)話框中輸入“轉(zhuǎn)錄因子注釋”，Enter鍵進(jìn)入轉(zhuǎn)錄因子注釋工具界面
這種方法操作也非常之簡(jiǎn)便，只要按照要求格式提交基因序列文件然后選擇物種即可：
1、 Genes：基因序列文件，支持氨基酸序列或者核酸序列，必須以fa或者fasta做后綴，示例如下：
2、 DEG file：輸入基因出自的項(xiàng)目的差異表達(dá)文件，該文件第一列為Gene ID，最后一列為基因上下調(diào)信息，這兩列必須存在，沒(méi)有可以不用選擇
3、 Organism：可以只選擇研究的物種，分析速度快；也可以選擇All，基于所有物種的轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行比對(duì)，結(jié)果信息會(huì)更全，但是分析速度會(huì)變慢。
4、 E-value 進(jìn)行blast比對(duì)設(shè)置的期望值，該值越小表示比對(duì)特異性越強(qiáng)，核酸一般設(shè)置為1e-10，氨基酸一般設(shè)置為1e-5
最后篩選出來(lái)感興趣的轉(zhuǎn)錄因子，大家可能希望再找到它對(duì)應(yīng)的靶基因。如何預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子靶基因也有很多方法，包括根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子保守性或者是公共數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站進(jìn)行預(yù)測(cè)，這部分內(nèi)容后續(xù)我們?cè)倬唧w介紹~
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參考文獻(xiàn)：
1.Wei T, Deng K, Liu D, et al. Ectopic Expression of DREB Transcription Factor, AtDREB1A, Confers Tolerance to Drought in Transgenic Salvia miltiorrhiza[J]. Plant & Cell Physiology, 2016, 57(8):1593.
2.Yu C P, Chen S C, Chang Y M, et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 112(19):E2477.
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