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發(fā)布于 2021年8月30日

2021年8月，基因組調(diào)研圖（survey）分析正式入駐百邁客云平臺！
簡單幾步，告別碼農(nóng)！

調(diào)研圖分析背景介紹

一個物種基因組組裝質(zhì)量的好壞，其中一個重要指標就是看組裝的大小是否符合這個物種的預估值。偏大可能是存在冗余，需要進行片段取舍；若偏小，可能是組裝的片段缺失；無論哪種都不利于后續(xù)基因組的應用。而預估物種基因組大小的主流方法有兩種：①流式細胞儀測定DNA含量；②基于測序片段統(tǒng)計計算基因組大小，也就是Survey調(diào)研圖分析。survey以二代測序技術(shù)為基礎(chǔ)，基于小片段文庫進行低深度測序，通過K-mer分析，快速獲得基因組大小、雜合度、重復序列比例等基本信息。為制定該物種的全基因組de novo測序策略提供有效依據(jù)。原理詳見往期介紹:什么是基因組Survey？為什么要做基因組Survey？

Ranallo-Benavidez T et al., Nature Communications. 2020

? ? ? ?流式技術(shù)測定結(jié)果依賴于內(nèi)參物種準確性，且難以預判物種復雜程度；Survey的判斷則受到主峰選擇的干擾。兩種方法各有利弊，因此在預估基因組大小時往往會結(jié)合進行判斷，將物種大小鎖定在一定的范圍內(nèi)。

? ? ? ?但僅知道物種大小是遠遠不夠的，現(xiàn)在為了完成更高質(zhì)量基因組組裝通常需要選擇不同類型的材料。例如為了構(gòu)建0?Gap的高連續(xù)性基因組，會選擇超高純合度的材料（通過自交純合或是花藥培養(yǎng)等）來降低組裝中的障礙。亦或是為了完成二倍體基因組雙單倍體的組裝，選擇超高雜合度的材料（例如遠緣雜交或是野生材料篩選等）來增加基因組中同源對的差異，從而進行區(qū)分與組裝。

? ? ? ?因而，能夠判斷物種基因序列差異程度（雜合度）的Survey在基因組研究中就顯得尤為重要。但是survey需要通過一定的生信手段進行數(shù)學統(tǒng)計才可完成分析，需要課題組有一定的計算資源與人員配置。百邁客調(diào)研圖云分析app在無需生信基礎(chǔ)，無需資源配置的情況下，僅需一個百邁客云平臺賬號，簡單幾步鼠標操作即可完成survey分析。

基因組調(diào)研圖分析平臺介紹

（1）從百邁客官方云平臺登錄即可找到基因組調(diào)研圖分析平臺APP界面。百邁客云平臺網(wǎng)址：http://www.biocloud.net/

（2）分析過程簡單易上手，從數(shù)據(jù)上傳到參數(shù)設置，只需要簡單4步即可完成項目數(shù)據(jù)投遞和分析；

a.支持二代雙端測序數(shù)據(jù)，且數(shù)據(jù)不限來源：百邁客項目直接推送、非百邁客項目可自主上傳（注：調(diào)研圖分析數(shù)據(jù)深度宜在50X左右）。

b.為了更好區(qū)分所分析項目，可自主填寫報告名稱和物種拉丁名（選填）。動植物材料選取過程中易受到微生物或其他生物污染，因此通過選擇分析物種所在類別，進行應數(shù)據(jù)庫比對判斷污染情況。物種污染程度為材料可用性提供重要依據(jù)。

c. 背景信息填寫（選填）：調(diào)研圖分析會擬合多種分析結(jié)果，近緣物種大小\項目物種流式大小以及預估物種倍性的填寫，可輔助調(diào)研圖判斷最佳分析結(jié)果。針對前期背景信息未知情況，APP將根據(jù)峰型擬合情況，挑選最適結(jié)果。無論填寫與否，質(zhì)控報告中均會提供全部擬合結(jié)果供使用者挑選。

d.質(zhì)體的存在會影響基因組評估的準確性，可通過選擇是否過濾來進行不同處理。