PCR(Polymerase chain reaction)即聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),是一種體外擴(kuò)增基因的技術(shù)或獲得目的基因片段的方法。在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中已占有及其重要的地位。隨著越來(lái)越多的基因研究,PCR已走進(jìn)了實(shí)驗(yàn)人的千家萬(wàn)戶(hù)。請(qǐng)讀者跟著小編的步伐,揭開(kāi)PCR的神秘面紗!
不少初入基因克隆的新手來(lái)說(shuō),PCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果常常不理想,別急,根據(jù)小編的經(jīng)驗(yàn),總結(jié)了大概有以下幾點(diǎn)的原因,或許會(huì)幫助屏幕前的你走出誤區(qū):
PCR擴(kuò)增無(wú)目的條帶
這種結(jié)果的出現(xiàn)是所有失敗里面出現(xiàn)次數(shù)多的情況,比較好的方法就是嘗試更換引物,如果不是以下原因出現(xiàn)的話,引物的好壞決定了PCR實(shí)驗(yàn)的成敗。通常情況下,引物擴(kuò)增效率高的話,即便溫差在5度,都可以獲得很理想的結(jié)果,且特異擴(kuò)增。一般選擇引物GC含量在40%-60%,堿基數(shù)在19-23bp即可。GC含量高,可以減少堿基的數(shù)量,含量少,可以增加堿基的數(shù)量。
PCR出現(xiàn)非特異擴(kuò)增
這種情況的出現(xiàn)一般都是引物的特異性較差,或者也有可能是模板濃度太高,致使模板鏈數(shù)量太多,引物極易錯(cuò)誤配對(duì),此時(shí)可適當(dāng)稀釋模板,應(yīng)該會(huì)有很好的效果,但還有一種極其特殊的情況,就是出現(xiàn)了污染。
常見(jiàn)污染來(lái)源:
1:槍桿的污染,這是實(shí)驗(yàn)室最常見(jiàn)的污染,由于上次吸液動(dòng)作劇烈,移液時(shí)會(huì)把上次污染源帶入到實(shí)驗(yàn)中,而PCR最容易受到微量液體的污染,導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗。
2:手套等外源核酸酶的污染,以及PCR體系的水一定選擇滅菌水。
PCR條帶弱
有目的條帶,但是濃度低,引物如果沒(méi)有問(wèn)題的話,那就是模板講解的原因。根據(jù)實(shí)驗(yàn)室經(jīng)驗(yàn)表明,模板最多不凍融超過(guò)兩次,四度溶解后保存不能超過(guò)一個(gè)星期,其實(shí)一個(gè)星期之內(nèi),隨著時(shí)間的延長(zhǎng),條帶會(huì)逐漸減弱,七天之后就沒(méi)有了,所以模板的保存很重要。
巢式PCR(nested PCR)
巢式PCR就是利用PCR擴(kuò)增的產(chǎn)物當(dāng)模板,在目的基因片段內(nèi)再設(shè)計(jì)一對(duì)嵌套引物,作為巢式PCR引物,此時(shí)經(jīng)過(guò)幾輪PCR后,目的擴(kuò)增產(chǎn)物的濃度就會(huì)很高,但同時(shí)也會(huì)引入一些堿基突變。適用于基因表達(dá)量低的基因克隆或者提高目的片段的濃度,會(huì)有不錯(cuò)的效果。
半巢式PCR, 利用一個(gè)嵌套引物,而不是一對(duì),原理同巢式PCR相似,都會(huì)使目的片段增亮幾個(gè)級(jí)別。

圖1 原始PCR產(chǎn)物

圖2 半巢式PCR產(chǎn)物
小編在做基因克隆時(shí),如果要對(duì)圖1PCR產(chǎn)物送去測(cè)序,濃度會(huì)很低,達(dá)不到測(cè)序的濃度,當(dāng)時(shí)就利用半巢式PCR, 經(jīng)過(guò)切膠,成功獲得了目的片段序列。
產(chǎn)物保存
盡量不要在4度超過(guò)一天,DNA很容易降解,保存時(shí)間太長(zhǎng)的話會(huì)對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果產(chǎn)生一定的影響,超過(guò)兩天很有可能就會(huì)使條帶消失。建議直接膠回收并進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。
在此,給大家介紹一款百邁客生物公司的 PCR Mix試劑盒–Biomarker HS 2X HF Master Mix,該產(chǎn)品具有以下特點(diǎn):
高特異性
該試劑盒中的DNA聚合酶添加了能夠抑制酶活性的單克隆抗體,可進(jìn)行高特異性的熱啟動(dòng)PCR。
高保真性
該酶是具備高保真度的熱穩(wěn)定DNA聚合酶之一,其保真度比Pyrococcus furiosus DNA聚合酶高6倍。
平末端擴(kuò)增產(chǎn)物
該酶具和3′-5’和有5′-3’持續(xù)合成活性酸外切酶活性,其擴(kuò)增產(chǎn)物為平末端。
操作簡(jiǎn)單
該預(yù)混液中僅需加入DNA 模板、引物和水即可進(jìn)行擴(kuò)增。
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