非靶向代謝組(untargeted metabolomics)是一種常用廣泛篩選的代謝物的的代謝組學(xué)研究方法,作為表觀的最直接體現(xiàn)者,近年來來一直深受各位學(xué)者的追捧。隨著檢測技術(shù)手段的不斷升級,為了提供更好更高質(zhì)量的代謝組學(xué)數(shù)據(jù),?不斷的加大研發(fā)的力度,提升非靶向代謝組的檢測質(zhì)量,以挖掘到樣本中更多更準代謝物信息,如何在7天內(nèi)快速做完一個非靶向代謝組的項目?
選用超優(yōu)的平臺
首先要選用高分辨Water Q-TOF質(zhì)譜平臺和成熟穩(wěn)定的質(zhì)控體系,提供準確優(yōu)質(zhì)數(shù)據(jù),平臺特點:
- 雙離子ESI源,專利LockSpray實時在線矯正技術(shù)(高穩(wěn)定性)—數(shù)據(jù)可靠
- StepWave 技術(shù),保證滿足痕量檢測的要求(高靈敏度)—低豐度物質(zhì)(新物質(zhì),不曾報道的,好發(fā)文章)
超全的數(shù)據(jù)庫
欲善其事必先利其器,數(shù)據(jù)庫是代謝物定性的根本利器,百邁客對本地數(shù)據(jù)庫不斷升級擴大,升級后本地數(shù)據(jù)庫物質(zhì)5000+代謝物,自建庫在行業(yè)中位居前列。
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畫圖工具
文獻里面好看又直觀的的美圖是如何制作出來噠?比如韋恩圖、箱形圖等。這就需要用到一些畫圖工具,這里推薦百邁客云在線分析工具,百邁客云有104款分析小工具,涵蓋基因分析、遺傳進化、ncRNA、質(zhì)控、組裝、比對、數(shù)據(jù)提取、突變、統(tǒng)計、表格處理、繪圖、序列分析等12大功能,非常齊全。
代謝組可以反映生物體表型的狀態(tài)變化。代謝組與轉(zhuǎn)錄組、蛋白組的多組學(xué)聯(lián)合分析可以同時實現(xiàn)從多個層面來探究生物學(xué)問題,相互間進行驗證,從海量的數(shù)據(jù)中篩選出關(guān)鍵基因、蛋白質(zhì)及代謝通路,解釋生物過程的復(fù)雜性和整體性,提高文章的水平。下面為大家推薦幾篇代謝組多組學(xué)聯(lián)合分析的文獻。
案例一
期刊:Journal of Hazardous Materials
IF:14.224
單位:河南科技學(xué)院?河南農(nóng)業(yè)大學(xué)
研究方法:代謝組學(xué)?轉(zhuǎn)錄組學(xué) 蛋白質(zhì)組學(xué)
案例二
期刊:Frontiers in Plant Science
IF:6.627
單位:黑龍江八一龍墾大學(xué)
研究方法:非靶代謝組學(xué)+轉(zhuǎn)錄組學(xué)
案例三
單位:西南大學(xué)
期刊:Environmental and Experimental Botany
IF:6.028
研究策略:轉(zhuǎn)錄組 +代謝組+ICP-MS離子組學(xué)
案例四
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單位:中國科學(xué)院西北生態(tài)環(huán)境資源研究所
期刊:International Journal of Molecular Sciences
IF:4.556
研究策略:微生物組學(xué) +代謝組學(xué)
案例五
單位:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
期刊:Frontiers in Plant Science
IF:6.627
研究策略:轉(zhuǎn)錄組學(xué) +代謝組學(xué)
案例六
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單位:甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)
期刊:Frontiers in Microbiology
IF:6.064
研究策略:轉(zhuǎn)錄組學(xué) +代謝組學(xué)+微生物組學(xué)
案例七
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單位:石河子大學(xué)
期刊:Frontiers in Plant Science
IF:6.627
研究策略:轉(zhuǎn)錄組學(xué) +代謝組學(xué)+微生物組學(xué)
案例八
單位:新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院
期刊:Science of the Total Environment
IF:10.753
研究策略:微生物多樣性+代謝組
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百邁客生物代謝組項目優(yōu)勢
超廣項目經(jīng)驗
百邁客近一年已完成非靶代謝組項目經(jīng)驗2w+,為使老師更直觀的認知百邁客非靶向代謝組產(chǎn)品,我們對2022年300多個項目數(shù)據(jù)進行了統(tǒng)計,包含物種信息、樣本類型及檢出通量。
- 超全樣本類型
物種類型涵蓋豐富,包括動物,植物,微生物,細胞類型樣本,小編整理一下近半年的部分樣本類型展示如下表。
樣本 | 物種 | 樣本 | ? | 樣本 | 物種 |
植物 | 法國梧桐 | 動物 | 虹鱒 | 微生物 | 阿薩希絲孢酵母 |
三色堇 | 小鼠 | 凝結(jié)芽孢桿菌 | |||
桃 | 綿羊 | 土壤 | |||
茶樹 | 兔子 | 紅曲霉 | |||
麥冬 | 斷奶仔豬 | 微生物 | |||
桑樹 | 人 | 濃香型大曲 | |||
野牛草 | 兔子 | 酒醅 | |||
鐵皮石斛 | 鴿 | 梭菌 | |||
絹蒿 | 小鼠 | 真菌 | |||
青稞 | 黇鹿 | 芽孢桿菌 | |||
紫蘇 | 大黃魚 | 酵母菌 | |||
杜仲 | 草地貪夜蛾 | 鏈霉菌 | |||
玉米 | 麥蛾柔繭蜂(蛹) | 其他 | 細胞 | ||
紫花苜蓿 | 貽貝 | ….. | |||
青稞(大麥) | 小金蝠蛾 | ||||
菊花 | 雞 |
- 超高檢測通量
小編統(tǒng)計了2022年近兩個月的植物樣本的非靶物質(zhì)檢出情況,植物樣本中二級鑒定到的物質(zhì)數(shù)量最高4700,平均檢出3199個物質(zhì),隨后隨機抽取了20個項目,涉及不同物種,針對植物樣本中二級鑒定到的物質(zhì)數(shù)目,繪制成了以下:
超高檢測穩(wěn)定性
小編對部分植物項目的檢出情況進行了歸納,得到了各個檢出水平的項目占比,具體如下圖:
從圖可以看到植物樣本,85%以上的項目二級檢出物質(zhì)數(shù)均在2000+個以上,65%以上的項目二級檢出物質(zhì)數(shù)均在3000個以上,通過這些項目實測數(shù)據(jù)足以看出,百邁客非靶產(chǎn)品對代謝物鑒定具有強大檢測能力!
?超全物質(zhì)覆蓋度
非靶向代謝組學(xué)技術(shù)無偏向性捕獲代謝物數(shù)據(jù),小編統(tǒng)計了部分項目,主要檢出類別如下表:
Class | 分類 | Class | 分類 |
Organooxygen compounds | 有機氧化合物 | Nucleotides and derivatives | 核苷酸及其衍生物 |
Carboxylic acids and derivatives | 碳水化合物及其衍生物 | Organonitrogen compounds | 有機氮及其衍生物 |
Coumarins and derivatives | 香豆素及其衍生物 | isflavoids | 異黃酮 |
Benzene and substituted derivatives | 苯及其取代衍生物 | fatty acids | 脂肪酸類 |
Flavonoids | 黃酮類化合物 | glycerolipids | 甘油脂類 |
Phenols | 酚類化合物 | glycerophospholipids | 甘油磷脂類 |
Indoles and derivatives | 吲哚及其衍生物 | sphingolipids | 鞘脂類 |
Aminno acids and derivatives | 氨基酸及其衍生物 | prenol lipids | 孕烯醇酮脂類 |
Carboxylic acids and derivatives | 羧酸及其衍生物 | saccharolipids | 糖脂類 |
……. | ……. | …… | ….. |
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