全長微生物助力科研進入精細微生物組研究時代

三代微生物多樣性是基于?PacBio?測序平臺，利用單分子實時測序（SMRT Cell）的方法，基于HIFI模式對對單一片段進行多輪測序，在確保測序片段的長度的同時，也確保了單一片段測序數據的準確性?；谄涑L讀長的特點，可直接獲得全部變異區(qū)序列信息，獲得到“種”的分類鑒定，從而更加真實地還原樣本中微生物的群落結構。

經過不斷的經驗積累，百邁客目前已擁有3500+項目交付，80000+樣本測序經驗，研究成果涵蓋土壤，淤泥，根際，水體，深海冷泉，沉積物，反應器，發(fā)酵體系，腸道，糞便等多種組織類型，平均單篇影響因子8分以上，助力客戶進入精細微生物組研究時代。下面我們一起來看下文章案例思路~

客戶案例一：全長微生物多樣性（細菌全長 16S）+ 細菌框架圖助力客戶解析油茶根內生菌Streptomyces sp. CoT10的磷周轉機制和促進植物根際調節(jié)。

文章題目：Siderophores, a potential phosphate solubilizer from the endophyte Streptomyces sp. CoT10, improved phosphorus mobilization for host plant growth and rhizosphere modulation

期刊名稱：Journal of Cleaner Production

影響因子：11.072

發(fā)表時間：2022年7月

合作單位：湖南大學

研究內容：土壤中的可用磷（AP）缺乏是農業(yè)和林業(yè)生產中的一個重要限制因素。因此，具有高磷動員能力的微生物是非常值得關注的，特別是在酸性土壤中，大部分P被Fe固定。油茶是一種典型的酸性土壤種植油料作物，在我國林業(yè)經濟體系中具有較高的地位。在這項研究中，作者從油茶內生菌中篩選并鑒定了鏈霉菌株CoT10。CoT10可以有效地調動不同的P資源，特別是對FePO₄表現(xiàn)出高溶解度，并在生產不同的副產物方面表現(xiàn)突出。接種CoT10改善了土壤微生物多樣性，放線菌、變形菌、厚壁菌等優(yōu)勢群的比例明顯增多。此外，冗余分析（RDA）、網絡分析和功能預測表明，接種CoT10改善了油茶根際土壤中的微生物相互作用，平衡了土壤微生物P和Fe相關的功能作用。CoT10及其鐵載體為調節(jié)富鐵土壤中磷的遷移提供了一種有價值的方法，以促進植物相關產業(yè)的可持續(xù)和生態(tài)友好型發(fā)展。

 

客戶案例二：全長微生物多樣性（細菌全長 16S）+ 代謝組聯(lián)合分析助力客戶定向分離能夠增強海稻耐鹽性的根際植物生長促進菌。

文章題目：Microbiome-metabolome analysis directed isolation of rhizobacteria capable of enhancing salt tolerance of Sea Rice 86

期刊名稱：Science of The Total Environment

影響因子：10.753

發(fā)表時間：2022年6月

合作單位：廣東海洋大學

研究內容：土壤鹽堿化被認為是導致耕地面積和全球植物生產力減少的主要因素之一。應用耐鹽植物和提高植物耐鹽性被認為是鹽漬土恢復和利用的主要途徑。海稻86（SR86）被稱為能夠在鹽堿土壤中生長的水稻品種，本研究以SR86幼苗不同鹽度下根際細菌多樣性和土壤代謝組為研究對象，了解其對植物耐鹽性的貢獻。研究發(fā)現(xiàn)鹽脅迫可以顯著改變根際細菌多樣性和根際代謝物。通過共生分析確定了關鍵分類群，關鍵分類群與根際代謝物之間的相關性分析表明，脂類及其衍生物可能在植物耐鹽性中發(fā)揮重要作用。此外，進一步分離出了四種能夠促進SR86耐鹽的植物生長促進菌（PGPR），并對其進行了表征。研究結果可為植物-微生物相互作用介導的植物耐鹽機制提供新的思路，促進PGPR在鹽漬土恢復利用中的分離和應用。

 

客戶案例三：全長微生物多樣性（細菌全長 16S ?+ 古菌全長 16S）+ 宏基因組助力客戶探索嗜化原核生物如何驅動中國南海絕跡冷泉的碳、硫、氮循環(huán)。

文章題目：Riddles of Lost City: Chemotrophic Prokaryotes Drives Carbon, Sulfur, and Nitrogen Cycling at an Extinct Cold Seep, South China Sea

期刊名稱：Microbiology spectrum

影響因子：?9.043

發(fā)表時間：2022年12月

客戶單位：中國科學院南海海洋研究所

研究內容：深海冷泉是由流體攜帶的碳氫化合物維持生產力的生態(tài)系統(tǒng)之一。一旦流體停止，繁榮的自養(yǎng)群落就會消亡，被稱為絕跡冷泉。但異養(yǎng)生物群甚至可以存活數千年。原核生物在活躍冷泉中的關鍵作用已明確，但迄今為止人們對它們在絕跡冷泉中的功能知之甚少。此研究闡明了南海海馬冷泉已絕跡冷泉地點沉積物原核生物的多樣性、分類特異性、種間相關性和代謝特征。與活躍冷泉相比，已絕跡冷泉的古菌α多樣性顯著增加，而細菌的α多樣性保持不變。然而，基于加權層面，古菌組成在活躍或非活躍位點的絕跡冷泉處沒有顯著差異，而細菌組成表現(xiàn)出顯著差異。古菌和細菌的分布在已絕跡的冷泉中表現(xiàn)出明顯的特異性，表明了這里獨特的生命特征。原核生物可能在無機碳、硫和氮的循環(huán)中以化學自養(yǎng)方式生活，或在碳氫化合物的循環(huán)中以化學有機體營養(yǎng)的方式生活。值得注意的是，許多已絕跡的冷泉特定物種和網絡的關鍵譜系被歸類為變形桿菌。關于該分支的功能多樣性和代謝靈活性，變形桿菌被認為整合了地球化學循環(huán)，并在絕跡冷泉微生物組的能量和資源補充中發(fā)揮關鍵作用?？偟膩碚f，研究結果揭示了已絕跡冷泉中的微生物生態(tài)學和功能多樣性，為流體停止后的生物地球化學循環(huán)提供了新的理解。

 

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