交互式分析繪圖，還得來百邁客云！

百邁客云隆重向大家介紹-交互式分析繪圖功能！數(shù)據(jù)可視化是數(shù)據(jù)分析重要環(huán)節(jié)！隨著研究的不斷深入，分析靜態(tài)圖不能滿足客戶的需求。為此，百邁客云近年陸續(xù)推出了多款A(yù)PP的可視化交互功能，涵蓋單細(xì)胞、轉(zhuǎn)錄組、微生物組及代謝與多組學(xué)等，進(jìn)一步為科研提效！快來體驗(yàn)！新客戶可以搜索“百邁客云”，按如下步驟注冊(cè)免費(fèi)體驗(yàn)哦：

下面將對(duì)這些功能的應(yīng)用場(chǎng)景進(jìn)行逐一介紹(配有GIF動(dòng)圖)：

01、單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組

百邁客單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組線上分析擁有30+種基本分析，20+種個(gè)性化分析，空間轉(zhuǎn)錄組擁有近20種基本分析，近20種個(gè)性化分析。在這里，展示4款交互式個(gè)性化：

1.1、細(xì)胞聚類交互圖

篩選到有效細(xì)胞后，可以基于細(xì)胞的基因表達(dá)矩陣，進(jìn)行細(xì)胞聚類分析。細(xì)胞聚類交互圖可展示UMAP/TSNE圖，調(diào)整點(diǎn)的大小，點(diǎn)配色，文字等交互圖樣式可自定義，具體見下圖及圖中的描述。

圖1.1?單細(xì)胞_胞聚類交互圖

1.2、基金檢索交互

做完細(xì)胞聚類cluster之間的差異基因分析，可快速通過基因分布圖，小提琴圖，點(diǎn)圖查看基因在各個(gè)cluster的表達(dá)情況，還可實(shí)現(xiàn)手動(dòng)注釋cluster。

圖1.2 單細(xì)胞_基因檢索交互結(jié)果圖

做完細(xì)胞聚類cluster之間的差異基因分析后，可通過火山圖查看基因的表達(dá)情況。可查看火山圖中點(diǎn)對(duì)應(yīng)的基因，樣式可自定義。

圖1.3 單細(xì)胞_火山圖交互

1.4、ROI交互分析

空間轉(zhuǎn)錄組的客戶，可根據(jù)組織聚類圖，結(jié)合影像學(xué)和研究目的，自主選擇感興趣區(qū)域（ROI，region of interesting），查看區(qū)域之間的基因表達(dá)情況，從而獲得更典型的對(duì)比結(jié)果。

圖1.4 空間_ROI交互分析

02、轉(zhuǎn)錄組、代謝多組學(xué)

百邁客有參轉(zhuǎn)錄組線上分析共擁有30+種基本分析，30+種個(gè)性化分析。非靶代謝共有20+種基本分析，30+種個(gè)性化分析，且支持多組學(xué)之間的聯(lián)合分析(如：代謝與轉(zhuǎn)錄組、代謝與微生物組等)。在這里，展示4款交互式個(gè)性化：

2.1、韋恩圖交互

通常會(huì)對(duì)差異的基因/物質(zhì)做簡(jiǎn)單的韋恩圖繪制，也可以對(duì)總體的基因/物質(zhì)進(jìn)行繪圖。交互韋恩圖的功能非常靈活，2-5個(gè)分組自動(dòng)繪制韋恩圖，5-32個(gè)自動(dòng)為花瓣圖，支持經(jīng)典韋恩圖、齒輪圖的更換，還支持?jǐn)?shù)字點(diǎn)擊進(jìn)行下級(jí)數(shù)據(jù)的二次篩選交互。

圖2.1 交互式韋恩圖

2.2、交互式火山圖

火山圖（Volcano Plot）可以快速地查看基因/物質(zhì)在兩個(gè)（組）樣品中表達(dá)水平的差異?；鹕綀D的交互式支持自定義展示一定數(shù)目的重點(diǎn)差異基因，還支持支持選擇重點(diǎn)差異基因進(jìn)行數(shù)據(jù)篩選，進(jìn)行二次數(shù)據(jù)處理。

圖2.2 交互式火山圖

2.3、交互式氣泡圖

氣泡圖是富集分析后的重要展示手段，交互氣泡圖常用于GO和KEGG氣泡圖，支持Pvalue/Qvalue以及rich_factor/GeneRatio的自由切換，支持圖片選擇重點(diǎn)富集通路進(jìn)行數(shù)據(jù)篩選，進(jìn)行二次數(shù)據(jù)處理。

圖2.3 交互式氣泡圖

2.4、交互式網(wǎng)絡(luò)圖

網(wǎng)絡(luò)圖也是獲取差異基因/物質(zhì)后的重要分析方法，如：蛋白互作圖，該交互功能主要包括以下幾點(diǎn)：

1、可對(duì)的節(jié)點(diǎn)和連線進(jìn)行顏色、形狀、大小的調(diào)整

2、支持篩選重點(diǎn)基因之間的子網(wǎng)絡(luò)和相關(guān)網(wǎng)絡(luò)

3、可改變網(wǎng)絡(luò)圖的布局，包括對(duì)稱、居中、環(huán)形等

4、支持點(diǎn)擊圖片進(jìn)行數(shù)據(jù)的二次篩選，循環(huán)進(jìn)行數(shù)據(jù)繪圖

圖2.4 交互式網(wǎng)絡(luò)圖

03、微生物組

百邁客微生物多樣性(擴(kuò)增子)線上分析共擁有20+種基本分析，40+種個(gè)性化分析；宏基因組線上分析共擁有20+種基本分析，30+種個(gè)性化分析。在這里，展示3款交互式個(gè)性化：

3.1、物種分布交互圖

在獲取完物種注釋信息后，物種分布圖常常是常用、直觀的一直展示方式。交互圖支持自定義樣式、自定義坐標(biāo)、自定義排序、隱藏物種等。

圖3.1 微生物_物種分布圖

3.2、Alpha多樣性箱線交互圖

Alpha多樣性用來反映單個(gè)樣本的物種豐富度和多樣性，可同時(shí)做組間差異分析，支持全圖自定義、線圖/小提琴圖切換、差異p值或*的體現(xiàn)等。

圖3.2 Alpha多樣性箱線交互圖

3.3、Beta多樣性降維聚類圖

Beta多樣性主要用來反映樣本間的物種多樣性相似情況，在獲得Beta多樣性距離矩陣后，就可以用多種降維聚類方式進(jìn)行自定義圖形化展示。除常規(guī)交互外，還可自定義是否添加置信橢圓、組間連線。

圖3.3 Beta多樣性PCA圖

04、靈活度超高的小工具

個(gè)性化如還不能滿足數(shù)據(jù)挖掘需求，或有額外的數(shù)據(jù)要合并分析時(shí)，更靈活的小工具就該出場(chǎng)了！目前百邁客有超過50個(gè)小工具，帶交互功能的小工具有7個(gè)。下面也展示4個(gè)常用的圖形類型：

4.1、交互式柱狀圖小工具

一次繪圖，多圖自由轉(zhuǎn)換。排列柱狀圖、堆疊柱狀圖、排列點(diǎn)線圖、堆疊點(diǎn)線圖、3D柱狀圖等互相自由切換。同時(shí)，只需點(diǎn)擊下legend圖例，即可取消掉過多的展示項(xiàng)，從而達(dá)到重新繪制的目的。滾動(dòng)下鼠標(biāo)，即可隱藏過多的樣品展示。

圖4.1 (a)和(b) 小工具_(dá)交互式柱狀圖動(dòng)態(tài)展示

4.2、交互式箱線圖小工具

類同于柱狀圖的交互效果，還支持轉(zhuǎn)換為小提琴圖，鼠標(biāo)懸空放置，顯示箱線圖最大值、最小值、中位值，兩個(gè)四分位數(shù)等指標(biāo)數(shù)值。

圖4.2 小工具_(dá)交互式箱線圖動(dòng)態(tài)展示

4.3、交互式聚類熱圖小工具

傳統(tǒng)聚類圖常用的參數(shù)均支持(如：橫列是否聚類等)，同時(shí)鼠標(biāo)懸空放置單元格上會(huì)顯示對(duì)應(yīng)的源數(shù)據(jù)信息，還支持相關(guān)性熱圖繪制。

圖4.3 小工具_(dá)交互式聚類熱圖動(dòng)態(tài)展示

4.4、交互式散點(diǎn)圖

除常用的交互功能外，還支持切換為氣泡圖、曼哈頓圖、3D散點(diǎn)圖，組別支持置信橢圓繪制。

圖4.4 小工具_(dá)交互式散點(diǎn)圖

05、實(shí)戰(zhàn)演練

首先，以小工具里的交互式散點(diǎn)圖為例，進(jìn)行操作步驟的圖文介紹：

詳細(xì)請(qǐng)復(fù)制本鏈接到PC端體驗(yàn)：

https://international.biocloud.net/zh/software/tools/detail/small

其次，以代謝組分析平臺(tái)的個(gè)性化分析PCoA圖為例，進(jìn)行操作步驟的視頻介紹：

詳細(xì)請(qǐng)復(fù)制本鏈接到PC端體驗(yàn)各大APP：

https://international.biocloud.net/zh/software/agriculture/list

https://international.biocloud.net/zh/software/medical/list